[日本語] English
万見
- PDB-2ewt: Crystal structure of the DNA-binding domain of BldD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewt
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of BldD
要素putative DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / the DNA-binding domain of BldD
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Kim, I.K. / Lee, C.J. / Kim, M.K. / Kim, J.M. / Kim, J.H. / Yim, H.S. / Cha, S.S. / Kang, S.O.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of BldD, a central regulator of aerial mycelium formation in Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Kim, I.K. / Lee, C.J. / Kim, M.K. / Kim, J.M. / Kim, J.H. / Yim, H.S. / Cha, S.S. / Kang, S.O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the DNA-binding domain of BldD from Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Kim, I.K. / Kim, M.K. / Lee, C.J. / Yim, H.S. / Cha, S.S. / Kang, S.O.
履歴
登録2005年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: putative DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1724
ポリマ－7,8841
非ポリマー2883
水2,648147
1
A: putative DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: putative DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3448
ポリマ－15,7682
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)77.199, 31.774, 33.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1, -y, z+3/2

-
要素

#1: タンパク質 putative DNA-binding protein / BldD


分子量: 7883.973 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 21219990, UniProt: Q7AKQ8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1M sodium acetate (pH 4.6), 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97932, 0.97942, 0.98722
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月5日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.979421
30.987221
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 7441 / Num. obs: 7031 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.81→19.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1438212.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 381 5.4 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 7031 94.5 %-
all-7441 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.3987 Å2 / ksol: 0.351951 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20.04 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数551 0 15 147 713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.186 999 -
obs--82.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る