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- PDB-2ewh: Carboxysome protein CsoS1A from Halothiobacillus neapolitanus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewh
タイトルCarboxysome protein CsoS1A from Halothiobacillus neapolitanus
要素Major carboxysome shell protein 1A
キーワードCARBOXYSOME / bacterial microcompartment domain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily ...BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major carboxysome shell protein CsoS1A
類似検索 - 構成要素
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tsai, Y. / Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of CsoS1A and the Protein Shell of the Halothiobacillus neapolitanus Carboxysome.
著者: Tsai, Y. / Sawaya, M.R. / Cannon, G.C. / Cai, F. / Williams, E.B. / Heinhorst, S. / Kerfeld, C.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2005年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major carboxysome shell protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1583
ポリマ－9,9731
非ポリマー1842
水93752
1
A: Major carboxysome shell protein 1A
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,94618
ポリマ－59,8416
非ポリマー1,10512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area12860 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.417, 66.417, 28.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-100-

TRS

21A-2247-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -Y,X-Y,Z; Y-X,-X,Z; -X,-Y,Z; Y,Y-X,Z; X-Y,X,Z.

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要素

#1: タンパク質 Major carboxysome shell protein 1A


分子量: 9973.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
遺伝子: csoS1A / プラスミド: pProEx-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P45689
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1M 2(cyclohexylamino)ethanosulfonic acid, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→90 Å / Num. all: 13685 / Num. obs: 13685 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.12
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique all: 1025 / Χ2: 1.067 / % possible all: 71.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A10

2a10


解像度: 1.4→57.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.542 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 625 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 12339 --
obs0.187 12339 84.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å2-1.29 Å20 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---3.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→57.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数657 0 12 52 721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.98925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.452591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.45822.30826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47115110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.622158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5842474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4443726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3722231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2293199
LS精密化 シェル解像度: 1.402→1.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 33 -
Rwork0.451 561 -
obs-594 56.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4548 Å / Origin y: 8.7313 Å / Origin z: -12.7841 Å
111213212223313233
T-0.0261 Å20.002 Å20.0037 Å2--0.024 Å2-0.0264 Å2--0.0776 Å2
L1.409 °20.784 °20.1791 °2-0.9609 °2-0.1139 °2--0.3195 °2
S0.0423 Å °0.0413 Å °0.0942 Å °-0.0303 Å °-0.0149 Å °-0.2398 Å °-0.0035 Å °-0.048 Å °-0.0273 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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