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- PDB-2eul: Structure of the transcription factor Gfh1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eul
タイトルStructure of the transcription factor Gfh1.
要素anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
キーワードTRANSCRIPTION / Gfh1 / transcription factor / RNA polymerase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain / Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term ...Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain / Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / Chitinase A; domain 3 / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription inhibitor protein Gfh1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Symersky, J. / Perederina, A. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Artsimovitch, I. / Vassylyev, D.G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Regulation through the RNA Polymerase Secondary Channel: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL VARIABILITY OF THE COILED-COIL TRANSCRIPTION FACTORS.
著者: Symersky, J. / Perederina, A. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Artsimovitch, I. / Vassylyev, D.G.
履歴
登録2005年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46129
ポリマ－68,8264
非ポリマー1,63525
水6,954386
1
A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,19814
ポリマ－34,4132
非ポリマー78512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-385 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
2
C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,26315
ポリマ－34,4132
非ポリマー85013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-369 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-817 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
4
B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46129
ポリマ－68,8264
非ポリマー1,63525
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_664-y+1,x+1,z-1/41
crystal symmetry operation4_475y-1,-x+2,z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-589 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
5
A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46129
ポリマ－68,8264
非ポリマー1,63525
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_674-x+1,-y+2,z-1/21
crystal symmetry operation3_664-y+1,x+1,z-1/41
crystal symmetry operation3_754-y+2,x,z-1/41
Buried area6060 Å2
ΔGint-549 kcal/mol
Surface area34230 Å2
手法PISA
6
D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46129
ポリマ－68,8264
非ポリマー1,63525
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-550 kcal/mol
Surface area34780 Å2
手法PISA
7
D: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子

A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46129
ポリマ－68,8264
非ポリマー1,63525
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_754-y+2,x,z-1/41
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-548 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.291, 59.291, 218.876
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1


分子量: 17206.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: gfhI / プラスミド: pVS26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambdaDE3) / 参照: UniProt: Q5SJG6
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 8% PEG800, 33mM ZnAc, 17mM NaCacodylate, 0.85M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: VARIMAX HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 29039 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 58.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1641 5.6 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 29039 98.9 %-
all-29361 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.4 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.382 Å20 Å20 Å2
2---4.382 Å20 Å2
3---8.765 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 25 386 5219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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