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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eu8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a thermostable mutant of Bacillus subtilis Adenylate Kinase (Q199R) | ||||||
![]() | Adenylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Adenylate kinase / thermostability / point mutant / in vivo evolution | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S. / Shamoo, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In vivo molecular evolution reveals biophysical origins of organismal fitness. 著者: Counago, R. / Chen, S. / Shamoo, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 965.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 973.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zinS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24047.285 Da / 分子数: 2 / 変異: Q199R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 664分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.063 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 % |
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結晶化 | 温度: 293.14 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.75mM protein, PEG1500, Calcium Chloride, Ches, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.14K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月10日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→37.57 Å / Num. all: 48747 / Num. obs: 48747 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.84 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 21.7 / Scaling rejects: 1416 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible obs: 80.4 % / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. measured obs: 122 / Num. unique all: 4179 / Χ2: 0.77 / % possible all: 80.4 |
-位相決定
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.544 / Packing: 0.557
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZIN 解像度: 1.8→37.57 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 34.988 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å
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Xplor file |
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