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- PDB-2etv: Crystal structure of a putative fe(iii) abc transporter (tm0189) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2etv
タイトルCrystal structure of a putative fe(iii) abc transporter (tm0189) from thermotoga maritima msb8 at 1.70 A resolution
要素iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Periplasmic iron-binding protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / : / Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of IRON(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative (tm0189) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE (1) THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHH] ...SEQUENCE (1) THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHH] FOLLOWED BY RESIDUES 25-358 OF THE PREDICTED TM0189 GENE PRODUCT. IN ORDER TO REMOVE A PREDICTED TRANSMEMBRANE HELIX, THE FIRST 24 RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT. (2) THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
B: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,66225
ポリマ－79,2582
非ポリマー1,40423
水14,016778
1
A: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,37713
ポリマ－39,6291
非ポリマー74812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,28512
ポリマ－39,6291
非ポリマー65611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子

A: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子

A: iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,13039
ポリマ－118,8873
非ポリマー2,24336
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.820, 109.820, 122.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

PO4

21A-4-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: HIS / End label comp-ID: TRP / Refine code: 2 / Auth seq-ID: -1 - 358 / Label seq-ID: 11 - 346

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative


分子量: 39628.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4980685, UniProt: Q9WY32*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 801分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 0.2M (NH4)2HPO4, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.9, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97960, 0.95372
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月4日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.953721
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 92056 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6.78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.7680.40.7251.51417781444780.4
1.76-1.8384.60.8941.854496515413
1.83-1.9188.60.8942.364520815518
1.91-2.0291.70.8943.275299518221
2.02-2.1493.90.8944.464719916245
2.14-2.3195.80.8945.745216317945
2.31-2.5496.90.8947.35068817439
2.54-2.9980.8949.165118917589
2.9-3.6698.90.89412.255305718287
3.66-3099.20.89417.35303018134

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.077 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.097
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) A NICKEL ION IS COORDINATED IN AN OCTAHEDRAL COMPLEX TO THE SIDECHAINS OF HIS-1, HIS-3 ON THE SAME CHAIN; HIS-2, HIS-4 ON A SYMMETRY- ...詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) A NICKEL ION IS COORDINATED IN AN OCTAHEDRAL COMPLEX TO THE SIDECHAINS OF HIS-1, HIS-3 ON THE SAME CHAIN; HIS-2, HIS-4 ON A SYMMETRY-RELATED CHAIN, AND TWO WATER MOLECULES. X-RAY FLUORESCENCE SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE NICKEL ION. 3) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4) LYSINES 304 APPEARS TO HAVE BEEN PROTECTED FROM REDUCTIVE METHYLATION AND WAS MODELED AS LYSINE IN BOTH CHAINS. ALL OTHER LYSINES HAVE BEEN MODELED AS MLY (N-DIMETHYL-LYSINE).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 4608 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.165 ---
obs0.16514 87413 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5411 0 84 778 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.57127694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07439599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39224260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94315.152985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4971534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.24232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22758
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2850.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96633499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.53731381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51555488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.64882524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.228112205
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1959TIGHT POSITIONAL0.080.05
2418MEDIUM POSITIONAL0.420.5
1959TIGHT THERMAL0.350.5
2418MEDIUM THERMAL1.042
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 333 -
Rwork0.264 6438 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.568-0.17360.49550.3244-0.26941.8307-0.0073-0.01150.03480.04210.0232-0.0535-0.0630.053-0.0159-0.09290.00930.0038-0.1459-0.0049-0.100426.294970.433121.9805
20.87230.4333-0.40170.6714-0.15781.49050.01810.0161-0.08660.0064-0.0112-0.09220.05790.0125-0.0069-0.1144-0.00220.0021-0.1211-0.0361-0.065117.0996108.606222.3148
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-6 - 3586 - 346
22BB-1 - 35811 - 346

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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