PDB-2etn: Crystal structure of Thermus aquaticus Gfh1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2etn

タイトル

Crystal structure of Thermus aquaticus Gfh1

要素

anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

キーワード

TRANSCRIPTION / anti Gre-factor / RNA polymerase / transcript cleavage

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Lamour, V. / Hogan, B.P. / Erie, D.A. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Thermus aquaticus Gfh1, a Gre-factor paralog that inhibits rather than stimulates transcript cleavage.
著者: Lamour, V. / Hogan, B.P. / Erie, D.A. / Darst, S.A.

履歴

登録	2005年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2etn.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2etn.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2etn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2etn_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2etn_full_validation.pdf.gz	507.4 KB	表示
XML形式データ	2etn_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	2etn_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1vrs-3 4tzy-d 4fei-1 3pjp-2 1qpf-4 5nuh-1 5bqg-d 2f23-1 3zyq-d 5c79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

51.8 kDa, 3 ポリマー
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1

A: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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4

B: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

C: anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	191.200, 76.400, 53.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1 分子量: 17251.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: gfh1 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18034643, UniProt: Q8VQD7*PLUS

#1: タンパク質

anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1

分子量: 17251.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: gfh1 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18034643, UniProt: Q8VQD7*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50mM sodium Cacodylate pH 6.0, 10 mM magnesium sulfate, 1.9 M lithium sulfate 1% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2	77	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X9A	1	0.9795
シンクロトロン	NSLS	X25	2	0.97857,0.97885,0.96486

検出器

ID	検出器	日付
1	CCD	2003年6月30日
2	CCD	2003年10月23日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.97857	1
3	0.97885	1
4	0.96486	1

反射

解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 12359 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 40.102 / SU ML: 0.629 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.696
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32464	1020	9.7 %	RANDOM
R_work	0.25026	-	-	-
obs	0.25742	9498	92.47 %	-
all	-	11394	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.835 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.46 Å²	0 Å²	2.22 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3550	0	0	0	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.033	0.021	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.009	2.005	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.531	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.377	0.2	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.41	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.369	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.363	1.5	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.546	2	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.533	3	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.001	4.5	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.377	47
R_work	0.404	635

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	32.2403	-0.5947	-18.3347	8.5294	-1.8535	20.3291	0.494	-0.7536	2.5437	0.5226	-0.0916	0.5613	-0.6365	-0.1922	-0.4024	0.414	0.0592	-0.2381	0.1066	-0.0298	0.549	60.6594	22.6965	43.6965
2	13.463	-5.3702	-0.6162	3.6889	-3.1023	7.747	0.0258	0.6815	1.5066	-0.1845	-0.2198	-0.7183	-0.2124	-0.0006	0.194	0.3199	-0.0596	0.0401	0.7309	0.1943	0.4879	83.3783	13.0801	40.2067
3	11.224	8.5759	5.8589	24.1097	10.3648	12.9837	0.4655	-0.5516	-1.5198	1.2748	0.1126	0.0606	1.6871	-0.5897	-0.5781	0.2999	0.1147	0.2501	0.3692	0.2409	0.4351	-2.1435	22.0568	34.6951
4	14.048	-2.7901	-2.8374	7.9868	2.8281	4.9191	0.1194	-0.1481	-0.5934	0.2693	-0.1402	-0.029	-0.0583	-0.0733	0.0208	0.3287	-0.0112	-0.0133	0.3327	0.2934	0.2588	19.9364	32.9312	32.6985
5	9.9263	1.8095	5.388	13.2733	13.3472	27.6661	0.4664	-1.2124	-0.5657	0.9204	-0.5252	0.0837	0.7666	-0.283	0.0588	0.129	0.0754	0.0706	0.4234	-0.0481	0.2614	49.3071	8.5067	42.5627
6	11.472	-7.7936	2.8713	11.3368	-2.1715	5.3899	0.7307	0.6272	-0.0767	-0.9668	-0.5415	0.9876	0.661	0.393	-0.1892	0.4804	0.2085	-0.1309	0.323	0.0311	0.5053	35.0239	15.7033	23.4911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 73	3 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	74 - 155	74 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2 - 73	2 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	74 - 155	74 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2 - 73	2 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	74 - 155	74 - 155

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