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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ess | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an acyl-ACP thioesterase (NP_810988.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.90 A resolution | ||||||
![]() | acyl-ACP thioesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / NP_810988.1 / Acyl-ACP thioesterase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an acyl-ACP thioesterase (NP_810988.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.90 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG, MGSDKIHHHHHHDYDIPTTENLYFQG. ...SEQUENCE THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG, MGSDKIHHHHHHDYDIPTTENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV-PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28730.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / 遺伝子: bt2075 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.6 詳細: 30.0% MPD, 0.2M NaCl, 0.1M Acetate, pH 4.6 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 24794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. DISORDERED MODEL BETWEEN RESIDUES 124-129 WAS NOT MODELED. 4. CA MODELED BASED ON ANOMALOUS DIFFERENCE MAP. 5. CHLORINE AND MPD MODELED BASED UPON CRYSTALLIZTION CONDITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.781 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 43.426 Å / Origin y: 6.51 Å / Origin z: 8.631 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: all |