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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2es6 | ||||||
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タイトル | Structure of the SAM domain of Vts1p | ||||||
要素 | Vts1p | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / SAM domain / protein structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flap-structured DNA binding / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of DNA metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / protein transport / mRNA binding / nucleotide binding / RNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Allain, F.H.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA. 著者: Oberstrass, F.C. / Lee, A. / Stefl, R. / Janis, M. / Chanfreau, G. / Allain, F.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2es6.cif.gz | 533.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2es6.ent.gz | 443.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2es6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/2es6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/2es6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11561.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+RIL / 参照: GenBank: 6324935, UniProt: Q08831*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.8mM Protein |
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試料状態 | イオン強度: 50mM NaCl, 50mM Phosphate-Buffer / pH: 6.5 / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |