PDB-2ery: The crystal structure of the Ras related protein RRas2 (RRAS2) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ery

タイトル

The crystal structure of the Ras related protein RRas2 (RRAS2) in the GDP bound state

要素

Ras-related protein R-Ras2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RRAS2 / GDP/GTP binding / GTP hydrolysis / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / osteoblast differentiation / GDP binding / Ras protein signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Salah, E. / Schoch, G. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Soundararajan, M. / Burgess, N. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the Ras related protein RRas2 (RRAS2) in the GDP bound state
著者: Salah, E. / Schoch, G. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Soundararajan, M. / Burgess, N. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, ...

履歴

登録	2005年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ery.cif.gz	91.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ery.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ery.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ery_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ery_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2ery_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	2ery_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/2ery ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/2ery	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x1rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3reg-2 3reg-1 6ynp-1 6ykz-1 1d8f-1 4mrx-d 3v46-d 6wgn-3 2gf0-4 6zir-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ras-related protein R-Ras2

B: Ras-related protein R-Ras2

ヘテロ分子

40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ras-related protein R-Ras2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ras-related protein R-Ras2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.191, 72.115, 82.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	13 - 70	4 - 61
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	13 - 70	4 - 61
1	2	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	82 - 180	73 - 171
2	2	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	82 - 180	73 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ras-related protein R-Ras2 / Ras-like protein TC21 / Teratocarcinoma oncogene 分子量: 19971.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAS2, TC21 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P62070
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 5.5 詳細: 8 % PEG3350, 0.005 M MgCl2, 0.005 M CoCl2, 0.1 M Bis Tris, 0.1 M Mg(Formate)2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 40966 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 %
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 1X1R.PDB

1x1r

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.384 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2062	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	38848	98.9 %	-
all	-	38848	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2688	0	58	290	3036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.978	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.575	3	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.911	5	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.775	23.378	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.636	15	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.328	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.209	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.693	1.5	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.162	1.5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.997	2	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.575	3	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.292	4.5	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	793	loose positional	1.29	5
2	1396	loose positional	0.47	5
1	793	loose thermal	1.15	10
2	1396	loose thermal	0.86	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	173	-
R_work	0.219	2548	-
obs	-	-	90.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3458	0.7753	0.2308	0.9035	-0.2135	5.0393	0.0107	0.0763	-0.1705	0.0819	-0.0464	-0.1524	-0.0615	-0.1299	0.0357	0.0515	0.0045	0.0261	-0.0593	0.0109	0.0578	10.9806	4.1165	4.4665
2	2.4293	0.0495	-0.0709	0.6122	-0.1866	3.8656	0.0125	0.1553	-0.0147	-0.0235	0.0112	0.0068	-0.0913	0.0455	-0.0237	0.0294	-0.0093	0.0068	-0.0259	0.0223	0.0487	10.5332	1.9229	1.4539
3	5.8086	0.5189	2.2373	1.1036	0.1194	2.9896	0.027	0.2764	-0.091	0.0493	0.0154	-0.0275	-0.0597	0.2491	-0.0424	0.0083	0.0038	0.0023	0.0173	0.0274	0.0309	9.1819	2.438	4.5989
4	2.5792	0.5417	0.1217	1.1657	0.2007	4.524	0.022	0.0689	0.0436	0.0816	-0.026	-0.0243	-0.1599	-0.0619	0.004	0.0127	0.0067	-0.0002	-0.0107	0.0198	0.0407	11.0695	2.3153	4.2519
5	4.7353	0.4734	0.5176	1.3217	1.3359	4.0982	-0.0202	0.0846	0.0826	-0.1258	-0.104	0.0956	-0.2261	-0.0853	0.1242	0.0577	0.0267	-0.0297	0.0263	0.036	0.1095	-18.5258	-5.5036	-6.065
6	3.8159	0.1279	0.113	0.7865	-0.237	1.7643	0.0051	0.075	-0.0024	0.0297	-0.0171	-0.054	0.0581	0.1259	0.012	0.0053	0.0283	-0.0024	0.103	0.0298	0.0508	-16.9412	-2.739	-5.2904
7	4.6206	-0.3896	-1.4042	1.3274	0.4481	2.4278	0.0028	-0.1888	0.0449	-0.0056	0.055	0.0064	0.0479	0.4072	-0.0579	-0.0063	0.0276	-0.0098	0.1966	0.0187	0.0194	-20.5889	-3.8597	-6.4762
8	5.7999	-0.0127	1.4897	0.7325	0.2031	3.0903	0.059	-0.005	-0.2143	-0.0787	-0.0412	-0.0512	0.0472	-0.1357	-0.0178	0.0215	-0.0036	-0.0092	0.0517	0.0315	0.0469	-17.8316	-3.9272	-5.8076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	25 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	56 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	96 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	143 - 181

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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