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- PDB-2erj: Crystal structure of the heterotrimeric interleukin-2 receptor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2erj
タイトルCrystal structure of the heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2
要素
  • (Interleukin-2 receptor ...) x 2
  • Cytokine receptor common gamma chain
  • Interleukin-2
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / INTERLEUKIN-2 / INTERLEUKIN-2 ALPHA RECEPTOR / INTERLEUKIN-2 BETA RECEPTOR / INTERLEUKIN-2 GAMMA RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...regulation of T cell tolerance induction / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / interleukin-7-mediated signaling pathway / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / leukocyte activation involved in immune response / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / natural killer cell activation / : / inflammatory response to antigenic stimulus / Interleukin-15 signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of dendritic spine development / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / Notch signaling pathway / Interleukin-7 signaling / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / T cell differentiation in thymus / gene expression / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / endosome / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / : / Interleukin-2 ...Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / : / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha / Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Debler, E.W. / Stauber, D.J. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the IL-2 signaling complex: Paradigm for a heterotrimeric cytokine receptor.
著者: Stauber, D.J. / Debler, E.W. / Horton, P.A. / Smith, K.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2 receptor alpha chain
B: Interleukin-2 receptor beta chain
C: Cytokine receptor common gamma chain
D: Interleukin-2
E: Interleukin-2 receptor alpha chain
F: Interleukin-2 receptor beta chain
G: Cytokine receptor common gamma chain
H: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,16720
ポリマ－190,8578
非ポリマー5,31012
水00
1
A: Interleukin-2 receptor alpha chain
B: Interleukin-2 receptor beta chain
C: Cytokine receptor common gamma chain
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,98210
ポリマ－95,4294
非ポリマー2,5536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Interleukin-2 receptor alpha chain
F: Interleukin-2 receptor beta chain
G: Cytokine receptor common gamma chain
H: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,18510
ポリマ－95,4294
非ポリマー2,7576
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.266, 70.545, 129.236
Angle α, β, γ (deg.)83.85, 82.45, 89.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13B
23F
14C
24G
15C
25G
16D
26H
17A
27E
18B
28F
19A
29E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUCYSCYSAA2 - 467 - 51
21LEULEUCYSCYSEE2 - 467 - 51
12SERSERGLNGLNBB6 - 2411 - 29
22SERSERGLNGLNFF6 - 2411 - 29
13ASNASNHISHISBB103 - 209108 - 214
23ASNASNHISHISFF103 - 209108 - 214
14LEULEUVALVALCC33 - 13038 - 135
24LEULEUVALVALGG33 - 13038 - 135
15ILEILESERSERCC131 - 226136 - 231
25ILEILESERSERGG131 - 226136 - 231
16THRTHRTHRTHRDD3 - 1333 - 133
26THRTHRTHRTHRHH3 - 1333 - 133
17SERSERSERSERAA54 - 6459 - 69
27SERSERSERSEREE54 - 6459 - 69
18THRTHRGLUGLUBB31 - 10236 - 107
28THRTHRGLUGLUFF31 - 10236 - 107
19LEULEUGLYGLYAA100 - 165105 - 170
29LEULEUGLYGLYEE100 - 165105 - 170

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
詳細This entry contains the crystallographic asymmetric unit wich consists of two biological assemblies: ABCD and EFGH.

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要素

-
Interleukin-2 receptor ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Interleukin-2 receptor alpha chain / IL-2 RECEPTOR ALPHA SUBUNIT, p55, CD25, TAC ANTIGEN / IL-2 receptor alpha subunit / IL-2-RA / IL2-RA / p55 / CD25 / TAC antigen


分子量: 25402.438 Da / 分子数: 2 / 変異: N49S,N68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01589
#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor beta chain / IL-2 RECEPTOR BETA SUBUNIT, p75, CD122 / IL-2 receptor beta subunit / IL-2-RB / p75 / CD122


分子量: 25452.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14784

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 Cytokine receptor common gamma chain / INTERLEUKIN-2 RECEPTOR GAMMA CHAIN, IL-2 RECEPTOR GAMMA SUBUNIT, p65, CD132 / IL-2 receptor Gamma subunit / IL-2-RG / p65 / CD132


分子量: 29169.512 Da / 分子数: 2 / 変異: N58Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P31785
#4: タンパク質 Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF / Aldesleukin


分子量: 15403.915 Da / 分子数: 2 / 変異: C125A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60568

-
糖 , 6種, 12分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: MPEG 550, sodium acetate, sodium citrate, phenol, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→129.1 Å / Num. all: 39459 / Num. obs: 37249 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3924 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB structure 2B5I

2b5i


解像度: 3→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 44.957 / SU ML: 0.378 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26288 1864 5 %RANDOM
Rwork0.22047 ---
all0.22254 37863 --
obs0.22254 35379 93.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-1.12 Å2-0.81 Å2
2--0.29 Å2-0.37 Å2
3---0.21 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.682 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10837 0 350 0 11187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02111533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.96915716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44651307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88823.96553
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5131572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.24111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.27626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.341.56755
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9335420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6594.54949
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A354loose positional0.315
2B156loose positional0.135
3B890loose positional0.245
4C820loose positional0.365
5C833loose positional0.265
6D1069loose positional0.255
7A85loose positional0.475
8B584loose positional0.555
9A532loose positional0.415
1A354loose thermal1.0110
2B156loose thermal1.2210
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5C833loose thermal1.0610
6D1069loose thermal0.8810
7A85loose thermal0.5710
8B584loose thermal1.7510
9A532loose thermal1.0210
LS精密化 シェル解像度: 3→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 92 -
Rwork0.314 1714 -
obs--62.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6348-5.59342.47038.1623-3.12352.1264-0.012-0.60980.074-0.0273-0.098-0.4711-0.19990.11220.110.1629-0.11370.0675-0.31810.00120.031223.559851.4258-11.579
25.8648-0.45781.68267.6066-0.18247.43610.0771-1.38560.04481.0133-0.1983-0.6425-0.2970.34130.1213-0.56130.0437-0.1250.0507-0.0797-0.176733.375918.909228.8567
312.40251.242-3.19033.49010.15843.4012-0.1609-0.9736-0.6290.04840.09030.25380.1534-0.27520.0707-0.60560.203-0.1522-0.17470.0351-0.5445.00158.443922.4966
44.92620.57033.38575.4531-0.833714.1727-0.26771.21510.8759-1.02680.0724-0.0849-0.88960.14370.1952-0.0105-0.078-0.0059-0.3660.1107-0.33714.549112.2498-27.5895
57.16780.6039-5.54256.7253-2.283812.6204-0.4069-0.3856-0.6074-0.01040.24720.49670.9591-0.72620.1597-0.40610.0116-0.1178-0.45640.0476-0.39763.6827-0.00753.1795
68.2249-0.46851.08410.9421-1.675710.9324-0.1559-0.34250.518-0.20830.2996-0.1366-0.3807-0.0013-0.1437-0.5254-0.0179-0.0531-0.5437-0.0663-0.355327.296723.3276-2.5055
77.13275.6029-0.88257.4776-1.7572.9643-0.080.23920.3181-0.0112-0.25730.36240.1069-0.12210.33740.1960.0218-0.2041-0.1956-0.13340.00484.403510.797371.0423
88.6932-0.5656-3.09697.13022.71066.11930.13750.9307-0.1299-0.5473-0.0531-0.5467-0.00220.3662-0.0845-0.66010.0766-0.1442-0.2985-0.1368-0.26715.212841.319631.8956
914.2801-0.32843.17373.62750.33473.76220.23420.59620.5155-0.0944-0.13530.2606-0.1875-0.2458-0.099-0.5465-0.0225-0.0049-0.485-0.0045-0.592-13.087452.16736.5488
104.1751-0.7898-2.8326.9193-2.65136.5222-0.0069-1.9484-0.63671.5120.07170.4530.3961-0.1554-0.06480.3562-0.32040.03980.6794-0.0106-0.216-6.101150.370786.1404
118.3429-0.475.02214.9176-1.599512.09050.0046-0.20890.69850.1396-0.13560.3227-0.5172-0.66220.131-0.4351-0.08640.0773-0.4266-0.1945-0.3369-14.604262.049354.9592
126.8461-0.1223-0.317310.084-1.176910.78780.1340.116-0.38280.38130.0062-0.06490.194-0.1837-0.1402-0.3634-0.0956-0.1671-0.34930.0139-0.36588.497938.535262.4605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1656 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 10211 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3BB103 - 209108 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4CC32 - 13037 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5CC131 - 226136 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6DD3 - 1333 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7EE1 - 1656 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8FF6 - 10211 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9FF103 - 209108 - 214
10X-RAY DIFFRACTION10GG32 - 13037 - 135
11X-RAY DIFFRACTION11GG131 - 226136 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12HH3 - 1333 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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