PDB-2eri: Solution structure of circulin B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eri

タイトル

Solution structure of circulin B

要素

Circulin B

キーワード

ANTIBIOTIC / cystine knot / beta hairpin / beta turn

機能・相同性

Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response to bacterium / Circulin-B

機能・相同性情報

生物種

Chassalia parviflora (植物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Craik, D.J. / Daly, N.L.

引用

ジャーナル: INT.J.PEPT.PROTEIN RES. / 年: 2005
タイトル: Structure of circullin B and implications for antimicrobial activity of the cyclotides
著者: Koltay, A. / Daly, N.L. / Gustafson, K.R. / Craik, D.J.

履歴

登録	2005年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eri.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eri.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eri_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eri_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	2eri_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	2eri_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/2eri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/2eri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kux-d 1vb8-d 2mg9-d 2msq-d 5x3c-d 5x39-d 1nbj-d 7kpd-d 2knp-d 1s8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Circulin B

3.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Circulin B / CIRB 分子量: 3310.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chassalia parviflora (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56879
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM circulin B pH 3.5; 70% H2O, 20% CD3CN, 10% D2 / 溶媒系: 70% H2O, 20% CD3CN, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 1 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
XEASY	1.3.7	Eccles et al	データ解析
DYANA	1.5	Guntert et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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