+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2erc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ERMC' A RRNA-METHYL TRANSFERASE | ||||||
![]() | RRNA METHYL TRANSFERASE | ||||||
![]() | METHYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RRNA METHYLTRANSFERASE / ERYTHROMYCIN RESISTANCE METHYLASE C' | ||||||
機能・相同性 | ![]() 23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / response to antibiotic / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bussiere, D.E. / Muchmore, S.W. / Dealwis, C.G. / Schluckebier, G. / Abad-Zapatero, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ErmC', an rRNA methyltransferase which mediates antibiotic resistance in bacteria. 著者: Bussiere, D.E. / Muchmore, S.W. / Dealwis, C.G. / Schluckebier, G. / Nienaber, V.L. / Edalji, R.P. / Walter, K.A. / Ladror, U.S. / Holzman, T.F. / Abad-Zapatero, C. #1: ![]() タイトル: Substrate Requirements for Ermc' Methyltransferase Activity 著者: Zhong, P. / Pratt, S.D. / Edalji, R.P. / Walter, K.A. / Holzman, T.F. / Shivakumar, A.G. / Katz, L. #2: ![]() タイトル: Sequence and Properties of Pim13, a Macrolide-Lincosamide-Streptogramin B Resistance Plasmid from Bacillus Subtilis 著者: Monod, M. / Denoya, C. / Dubnau, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4984, 0.8669, -0.0024), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28955.529 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 10-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % 解説: DATA FOR MAD PHASING WAS DONE WITH OTHER EXPERIMENTAL CONDITIONS. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4 / 詳細: pH 4.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: TATE ET AL. (1995) J. APPL. CRYST. 28, 196-205. / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 14568 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.03 / % possible all: 84.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 138382 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.3 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: MAD PHASING IN A DIFFERENT EXPERIMENT 解像度: 3.03→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: STRUCTURE WAS SOLVED IN P622 SPACE GROUP BUT WAS REFINED IN P6.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 0.05 Å2 / Rms dev position: 0.04 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.03→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.313 |