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- PDB-2erc: CRYSTAL STRUCTURE OF ERMC' A RRNA-METHYL TRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2erc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ERMC' A RRNA-METHYL TRANSFERASE
要素RRNA METHYL TRANSFERASE
キーワードMETHYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RRNA METHYLTRANSFERASE / ERYTHROMYCIN RESISTANCE METHYLASE C'
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / response to antibiotic / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA adenine N-6-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING IN A DIFFERENT EXPERIMENT / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Bussiere, D.E. / Muchmore, S.W. / Dealwis, C.G. / Schluckebier, G. / Abad-Zapatero, C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of ErmC', an rRNA methyltransferase which mediates antibiotic resistance in bacteria.
著者: Bussiere, D.E. / Muchmore, S.W. / Dealwis, C.G. / Schluckebier, G. / Nienaber, V.L. / Edalji, R.P. / Walter, K.A. / Ladror, U.S. / Holzman, T.F. / Abad-Zapatero, C.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1995
タイトル: Substrate Requirements for Ermc' Methyltransferase Activity
著者: Zhong, P. / Pratt, S.D. / Edalji, R.P. / Walter, K.A. / Holzman, T.F. / Shivakumar, A.G. / Katz, L.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1986
タイトル: Sequence and Properties of Pim13, a Macrolide-Lincosamide-Streptogramin B Resistance Plasmid from Bacillus Subtilis
著者: Monod, M. / Denoya, C. / Dubnau, D.
履歴
登録1998年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RRNA METHYL TRANSFERASE
B: RRNA METHYL TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9112
ポリマ－57,9112
非ポリマー00
水00
1
A: RRNA METHYL TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9561
ポリマ－28,9561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RRNA METHYL TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9561
ポリマ－28,9561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.900, 146.900, 57.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4984, 0.8669, -0.0024), (0.8669, 0.4984, -0.0015), (-0.0001, -0.0029, -1)
ベクター: -0.2088, -0.0107, 0.0065)

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要素

#1: タンパク質 RRNA METHYL TRANSFERASE / ERMC'


分子量: 28955.529 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 10-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: BD1109 / 細胞株: B834 / 遺伝子: ERMC' / Variant: ERMC' / プラスミド: PTERM31 / 遺伝子 (発現宿主): ERMC' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL219 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P13956, EC: 2.1.1.48

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: DATA FOR MAD PHASING WAS DONE WITH OTHER EXPERIMENTAL CONDITIONS.
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18-10 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
32 mM1dropMgCl2
410 %(v/v)glycerol1drop
55 mMdithiothreitol1drop
73.2 Mammonium sulfate1reservoir
80.1 Mcitrate1reservoir
6SAH1drop40-fold molar excess

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.92178
検出器タイプ: TATE ET AL. (1995) J. APPL. CRYST. 28, 196-205. / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92178 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 14568 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3→3.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.03 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 138382
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
SHARP位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HKL(DENZO)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MAD PHASING IN A DIFFERENT EXPERIMENT
解像度: 3.03→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: STRUCTURE WAS SOLVED IN P622 SPACE GROUP BUT WAS REFINED IN P6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1052 8.8 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 11972 90 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.328 Å2-7.689 Å20 Å2
2--0.328 Å20 Å2
3----0.656 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.44 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 0 0 3934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.85
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 0.05 Å2 / Rms dev position: 0.04 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 200
LS精密化 シェル解像度: 3.03→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 74 5.6 %
Rwork0.313 1005 -
obs--82.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.85
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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