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- PDB-2eqd: Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eqd
タイトルCrystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / TIM-barrel / TIM-like barrel / beta-sandwich / The composite domain of GH family 5 / 30 / 39 / 51
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellooctaose / Glycoside hydrolase family 9 / Endoglucanase J
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kitago, Y. / Karita, S. / Watanabe, N. / Sakka, K. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Cel44A, a glycoside hydrolase family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum.
著者: Kitago, Y. / Karita, S. / Watanabe, N. / Kamiya, M. / Aizawa, T. / Sakka, K. / Tanaka, I.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN IN THIS STRUCTURE, THE ELECTRON DENSITY OF A CELLOOCTAOSE IS IDENTIFIED DESPITE USING ...HETEROGEN IN THIS STRUCTURE, THE ELECTRON DENSITY OF A CELLOOCTAOSE IS IDENTIFIED DESPITE USING CELLOHEXOSE AT CRYSTAL PREPARATION STEP. AUTHORS DID NOT BUILD THE LIGAND STRUCTURE AS THE MULTI-CONFORMATION OF SOME CELLOHEXAOSES BUT BUILD AS A CELLOOCTAOSE. AUTHORS BELIEVE THAT THE RESOLUTION IS NOT ENOUGH TO ASSIGN THE MULTI-CONFORMATIONAL STURUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4208
ポリマ－57,6881
非ポリマー1,7327
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.486, 59.299, 168.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase / Glycoside hydrolase / beta-1 / 4-endoglucanase


分子量: 57687.531 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-519 / 変異: E186Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: F1 / 遺伝子: celJ, celJ-cel44A / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P71140, UniProt: A3DD30*PLUS, cellulase, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellooctaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellooctaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 59分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-NaOH pH6.5, 6mM ZnSO4, 16%(w/v) PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 13131 / Num. obs: 13039 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / Num. unique all: 1187 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E4T

2e4t


解像度: 2.8→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1298230.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 994 7.7 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 12940 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.816 Å2 / ksol: 0.341341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.5 Å20 Å20 Å2
2---12.67 Å20 Å2
3----1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 0 110 53 4180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 173 8.5 %
Rwork0.271 1867 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4glycerol.paramglycerol.top
X-RAY DIFFRACTION5ct8.paramct8.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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