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- PDB-2eo0: Crystal Structure of Holliday Junction Resolvase ST1444 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eo0
タイトルCrystal Structure of Holliday Junction Resolvase ST1444
要素Hypothetical protein ST1444
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Holliday junction resolvase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase Hjc / Holliday junction resolvase Hjc, archaeal / Archaeal holliday junction resolvase (hjc) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction resolvase Hjc / :
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sarai, N. / Kagawa, W. / Kurumizaka, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Holliday Junction Resolvase ST1444
著者: Sarai, N. / Kagawa, W. / Kurumizaka, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. DETAILS: AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ST1444
B: Hypothetical protein ST1444


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4812
ポリマ－33,4812
非ポリマー00
水00
1
A: Hypothetical protein ST1444

B: Hypothetical protein ST1444


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4812
ポリマ－33,4812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.661, 49.326, 69.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is unknown.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ST1444 / Holliday junction resolvase ST1444


分子量: 16740.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: Q971B0, UniProt: F9VND5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.4M tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月15日
放射モノクロメーター: conforcal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 11834 / Num. obs: 11787 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Num. unique all: 1155 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1hh1

1hh1


解像度: 2.4→25.87 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 1215 -random
Rwork0.2315 ---
all0.3119 11774 --
obs0.2325 11752 99.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 0 0 2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009808
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48526
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.81388
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.4-2.550.36091810.2794X-RAY DIFFRACTION1770
2.55-2.750.35831980.2701X-RAY DIFFRACTION1743
2.75-3.020.35922010.262X-RAY DIFFRACTION1754
3.02-3.460.33362230.2452X-RAY DIFFRACTION1723
3.46-4.360.31281980.2174X-RAY DIFFRACTION1756
4.36-500.26962140.21X-RAY DIFFRACTION1791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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