PDB-2eno: Solution structure of the PDZ domain from human Synaptojanin 2 bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eno

タイトル

Solution structure of the PDZ domain from human Synaptojanin 2 binding protein

要素

Synaptojanin-2-binding protein

キーワード

ENDOCYTOSIS / Mitochondrial outer membrane protein 25 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of sprouting angiogenesis / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of endocytosis / protein targeting / Rho protein signal transduction / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Endo, H. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the PDZ domain from human Synaptojanin 2 binding protein
著者: Endo, H. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eno.cif.gz	682.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eno.ent.gz	571.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eno_validation.pdf.gz	340.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eno_full_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示
XML形式データ	2eno_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	2eno_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2eno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2eno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ld1-d 2edh-d 3i93-d 2a0t-d 4u2n-1 4z59-d 5edd-d 1o22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002006307.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Synaptojanin-2-binding protein

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Synaptojanin-2-binding protein / Mitochondrial outer membrane protein 25 分子量: 12686.882 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: SYNJ2BP / プラスミド: P050509-14 / 参照: UniProt: P57105

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.22mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0), 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 10% D2O; 90% H2O 溶媒系: 10% D2O; 90% H2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1c	Varian	collection
NMRPipe	20060702	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.982	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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