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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2emv | ||||||
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タイトル | Solution structure of the C2H2 type zinc finger (region 859-889) of human Zinc finger protein 268 | ||||||
要素 | Zinc finger protein 268ジンクフィンガー | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / zf-C2H2 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein heterodimerization activity / positive regulation of protein homodimerization activity / Generic Transcription Pathway / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 ...regulation of protein heterodimerization activity / positive regulation of protein homodimerization activity / Generic Transcription Pathway / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / regulation of cell cycle / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Tochio, N. / Tomizawa, T. / Abe, H. / Saito, K. / Li, H. / Sato, M. / Koshiba, S. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the C2H2 type zinc finger (region 859-889) of human Zinc finger protein 268 著者: Tochio, N. / Tomizawa, T. / Abe, H. / Saito, K. / Li, H. / Sato, M. / Koshiba, S. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2emv.cif.gz | 245.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2emv.ent.gz | 203.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2emv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/2emv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/2emv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4603.958 Da / 分子数: 1 / 断片: zf-C2H2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: ZNF268 / プラスミド: P061225-03 / 参照: UniProt: Q14587 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: about 1.0mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 0.05MM ZnCl2; 1mM IDA; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |