PDB-2hdz: Crystal Structure Analysis of the UBF HMG box5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hdz

タイトル

Crystal Structure Analysis of the UBF HMG box5

要素

Nucleolar transcription factor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / HMG domain

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rong, H. / Teng, M.K. / Niu, L.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of human upstream binding factor HMG box 5 and site for binding of the cell-cycle regulatory factor TAF1
著者: Rong, H. / Li, Y. / Shi, X. / Zhang, X. / Gao, Y. / Dai, H. / Teng, M.K. / Niu, L.W. / Liu, Q. / Hao, Q.

履歴

登録	2006年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hdz.cif.gz	29.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hdz.ent.gz	18.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hdz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2emv-d 3im3-d 2n2p-d 1mkn-d 6w9z-2 2ysp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (4) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Nucleolar transcription factor 1

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.812, 60.812, 63.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Nucleolar transcription factor 1 / Upstream-binding factor 1 / UBF-1 / Autoantigen NOR-90 分子量: 10891.573 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBF / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17480
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nucleolar transcription factor 1 / Upstream-binding factor 1 / UBF-1 / Autoantigen NOR-90

分子量: 10891.573 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBF / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17480

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.09	60.25
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	Se-Met derivate, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.9363
シンクロトロン	BSRF	3W1A	2	0.97985

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2004年8月24日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2005年5月3日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Bent triangular asymmetric cut Si(111) monochromater	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9363	1
2	0.97985	1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. all: 9000 / Num. obs: 8917 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.049 / Χ²: 3.012 / Net I/σ(I): 35.6

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.185 / Num. unique all: 431 / Χ²: 2.468 / % possible all: 93.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.43 / 反射: 2522

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.647	0.615	0.167	1.867
2	Se	30.659	0.617	0.436	0.069	1.184
3	Se	56.215	0.191	0.665	0.058	1.283
4	Se	49.167	0.728	0.384	0.021	1.21
5	Se	46.083	0.993	0.546	0.015	1.338

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.49-30	0.54	133
6.73-10.49	0.62	217
5.29-6.73	0.56	277
4.5-5.29	0.51	324
3.98-4.5	0.39	345
3.61-3.98	0.33	382
3.32-3.61	0.37	405
3.1-3.32	0.35	439

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.49 / 反射: 4494 / Reflection acentric: 4245 / Reflection centric: 249

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-27.178	0.94	0.95	0.87	199	169	30
4.5-7.1	0.89	0.91	0.64	609	559	50
3.6-4.5	0.86	0.88	0.65	749	709	40
3.1-3.6	0.72	0.73	0.58	755	715	40
2.7-3.1	0.43	0.44	0.2	1353	1293	60
2.5-2.7	0.22	0.22	0.05	829	800	29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 7.751 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	425	4.8 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
all	0.22	8492	-	-
obs	0.21953	8492	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.535 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	1.11 Å²	0 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	561	0	0	91	652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.961	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.993	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.991	24.483	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.677	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.373	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.27	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	1.5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.504	2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.009	3	271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.539	4.5	233

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	30	-
R_work	0.205	579	-
obs	-	609	95.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.2352 Å / Origin y: -17.7616 Å / Origin z: 20.0748 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0077 Å²	-0.0202 Å²	0.0036 Å²	-	0.0131 Å²	-0.0005 Å²	-	-	0.029 Å²
L	0.1835 °²	0.28 °²	-0.4824 °²	-	1.0418 °²	0.0501 °²	-	-	2.2741 °²
S	-0.0759 Å °	0 Å °	-0.0044 Å °	0.04 Å °	-0.0711 Å °	-0.0895 Å °	0.0108 Å °	-0.2072 Å °	0.1471 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)