PDB-2el8: Solution structure of the human STAP2 SH2 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2el8

タイトル

Solution structure of the human STAP2 SH2 domain

要素

Signal-transducing adaptor protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH2 domain / Phosphotyrosine binding domain / Protein Tyrosine Kinase / Signal Transduction / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

PTK6 Activates STAT3 / signaling adaptor activity / Cytoprotection by HMOX1 / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Kasai, T. / Miyamoto, K. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the human STAP2 SH2 domain
著者: Kasai, T. / Miyamoto, K. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2el8.cif.gz	711 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2el8.ent.gz	596.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2el8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2el8_validation.pdf.gz	340 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2el8_full_validation.pdf.gz	491 KB	表示
XML形式データ	2el8_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	2el8_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/2el8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/2el8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1x4m-d 4a0j-2 7avb-d 2a2p-d 2lte-d 3qb2-2 1wjw-d 2cr9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001002297.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal-transducing adaptor protein 2

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Signal-transducing adaptor protein 2 / STAP-2 / Breast tumor kinase substrate / BRK substrate 分子量: 13022.834 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: STAP2 / プラスミド: P061218-22 / 参照: UniProt: Q9UGK3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.00mM SH2 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.981	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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