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- PDB-2ekd: Structural study of Project ID PH0250 from Pyrococcus horikoshii OT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ekd
タイトルStructural study of Project ID PH0250 from Pyrococcus horikoshii OT3
要素Hypothetical protein PH0250
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Protein of unknown function DUF257 / Protein of unknown function DUF257 / Pyrococcus protein of unknown function, DUF257 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / KaiC-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Asada, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural study of Project ID PH0250 from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Asada, Y. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH0250
B: Hypothetical protein PH0250
C: Hypothetical protein PH0250
D: Hypothetical protein PH0250
E: Hypothetical protein PH0250
F: Hypothetical protein PH0250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1949
ポリマ－143,0886
非ポリマー1063
水11,944663
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12130 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area45100 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein PH0250
B: Hypothetical protein PH0250
C: Hypothetical protein PH0250
D: Hypothetical protein PH0250
E: Hypothetical protein PH0250
F: Hypothetical protein PH0250
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein PH0250
B: Hypothetical protein PH0250
C: Hypothetical protein PH0250
D: Hypothetical protein PH0250
E: Hypothetical protein PH0250
F: Hypothetical protein PH0250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,38818
ポリマ－286,17512
非ポリマー2136
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area31560 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area83400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.471, 158.026, 163.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1302-

CL

21F-1303-

CL

31B-290-

HOH

41C-1397-

HOH

51E-291-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein PH0250


分子量: 23847.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O57988
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3
詳細: 40%(v/v) 1,2-propanediol, Acetate pH 4.5, 0.05M Ca(OAc)2, pH 5.3, MICROBATCH, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 54164 / Num. obs: 54164 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 30.846 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 12.16 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.94 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: TROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2656 -RAMDOM
Rwork0.188 ---
all0.19 53905 --
obs0.19 53905 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---1.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9764 0 3 663 10430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 322 -
Rwork0.196 --
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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