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万見
- PDB-2ek5: Crystal structure of the transcriptional factor from C.glutamicum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ek5
タイトルCrystal structure of the transcriptional factor from C.glutamicum at 2.2 angstrom resolution
要素Predicted transcriptional regulators
キーワードTRANSCRIPTION / Helix-Turn-Helix / Interwined alpha helices
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted transcriptional regulators
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gao, Y.G. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The structures of transcription factor CGL2947 from Corynebacterium glutamicum in two crystal forms: A novel homodimer assembling and the implication for effector-binding mode
著者: Gao, Y.G. / Yao, M. / Itou, H. / Zhou, Y. / Tanaka, I.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22020年9月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_biol ...struct / struct_biol / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulators
B: Predicted transcriptional regulators
C: Predicted transcriptional regulators
D: Predicted transcriptional regulators


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7734
ポリマ－57,7734
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Predicted transcriptional regulators
B: Predicted transcriptional regulators


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8872
ポリマ－28,8872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
2
C: Predicted transcriptional regulators
D: Predicted transcriptional regulators


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8872
ポリマ－28,8872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14110 Å2
手法PISA
3
A: Predicted transcriptional regulators
B: Predicted transcriptional regulators

A: Predicted transcriptional regulators
B: Predicted transcriptional regulators


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7734
ポリマ－57,7734
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
手法PQS
4
C: Predicted transcriptional regulators
D: Predicted transcriptional regulators

C: Predicted transcriptional regulators
D: Predicted transcriptional regulators


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7734
ポリマ－57,7734
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.638, 74.494, 182.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Chain A and chain B, chain C and chain D in an asymmetric unit form two homodimers, respectively.

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要素

#1: タンパク質
Predicted transcriptional regulators / Transcription factor / Bacterial regulatory protein / gntR family


分子量: 14443.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: ATCC13032 / 遺伝子: cgl2947 / プラスミド: pET26(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8NLJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M imidazole pH8.0, 15% EtOH, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.622 Å / Num. all: 24074 / Num. obs: 23916 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 33.755 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2240 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2376 -RANDOM
Rwork0.225 ---
all-24074 --
obs-23916 9.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.452 Å20 Å20 Å2
2--0.726 Å20 Å2
3---5.732 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 0 226 3738
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 218 -
Rwork0.2688 --
obs-2014 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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