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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eja | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Uroporphyrinogen Decarboxylase From Aquifex aeolicus | ||||||
![]() | Uroporphyrinogen decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / Uroporphyrinogen Decarboxylase / Dimer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Of Uroporphyrinogen Decarboxylase From Aquifex aeolicus 著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2infS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38729.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: 50v/v(%) PEG 200, 0.1M Acetic acid, pH 4.5, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→26.8 Å / Num. all: 54412 / Num. obs: 50375 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 3400 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 63.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2INF 解像度: 1.9→26.79 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.021
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