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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eiu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Putative protein (AQ1627) from Aquifex aeolicus | ||||||
要素 | Hypothetical protein aq_1627 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Putative protein / Aquifex aeolicus / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein aq_1627 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Nakano, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Putative protein (AQ1627) from Aquifex aeolicus 著者: Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Nakano, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eiu.cif.gz | 149.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eiu.ent.gz | 120.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eiu_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eiu_full_validation.pdf.gz | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eiu_validation.xml.gz | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eiu_validation.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13726.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL-X / 参照: UniProt: O67549 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 50865 / Num. obs: 50865 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. unique all: 5093 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2EHP 解像度: 2→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 120757.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.2297 Å2 / ksol: 0.35556 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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