+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eis | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of acyl-CoA hydrolase-like protein, TT1379, from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Hypothetical protein TTHB207仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / CoA binding motif / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Yoshida, H. / Satoh, S. / Iino, H. / Ebihara, A. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.-C. / Yokoyama, S. ...Kamitori, S. / Yoshida, H. / Satoh, S. / Iino, H. / Ebihara, A. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.-C. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray structure of acyl-CoA hydrolase-like protein, TT1379, from Thermus thermophilus HB8 著者: Kamitori, S. / Yoshida, H. / Satoh, S. / Iino, H. / Ebihara, A. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.-C. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eis.cif.gz | 63.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2eis.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eis | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14783.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHB207 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53VX2 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 30% v/v Propylene Glycol, 4% v/v PEG 400, 20% v/v Glycerol, 0.1M Na3Citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 / 詳細: ROSENBAUM |
放射 | モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 23244 / Num. obs: 23244 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique all: 2285 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.1→47.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 116937.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.4709 Å2 / ksol: 0.399674 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.26 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|