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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eib | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Galactose Oxidase, W290H mutant | ||||||
要素 | Galactose oxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Galactose Oxidase mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 galactose oxidase / galactose oxidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Phillips, S.E. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. / Wilmot, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: The Stacking Tryptophan of Galactose Oxidase: A Second-Coordination Sphere Residue that Has Profound Effects on Tyrosyl Radical Behavior and Enzyme Catalysis 著者: Rogers, M.S. / Tyler, E.M. / Akyumani, N. / Kurtis, C.R. / Spooner, R.K. / Deacon, S.E. / Tamber, S. / Firbank, S.J. / Mahmoud, K. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E. / McPherson, M.J. / Dooley, D.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Structure and mechanism of galactose oxidase. The free radical site 著者: Baron, A.J. / Stevens, C. / Wilmot, C. / Seneviratne, K.D. / Blakeley, V. / Dooley, D.M. / Phillips, S.E. / Knowles, P.F. / McPherson, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eib.cif.gz | 143.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eib.ent.gz | 108 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eib_validation.pdf.gz | 392.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eib_full_validation.pdf.gz | 423.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eib_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eib_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/2eib | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Protein is a monomer in the asymmetric unit |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 68530.531 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-639 / 変異: W290H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌) 遺伝子: go / プラスミド: pGOF1 / 発現宿主: Emericella nidulans (カビ) / 株 (発現宿主): G191 参照: UniProt: Q01745, UniProt: P0CS93*PLUS, galactose oxidase |
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-非ポリマー , 5種, 332分子
#2: 化合物 | ChemComp-CU / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1-2M Amonium Sulphate, 0.1M sodium acetate pH 4-5, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Rsym value: 0.046 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1GOG 解像度: 2.1→10 Å / Rfactor Rwork: 0.157 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber | ||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.376 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 | タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.017 |