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- PDB-2ei3: Anaerobic Crystal Structure Analysis of the 1,2-dihydroxynaphthal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ei3
タイトルAnaerobic Crystal Structure Analysis of the 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase from Pseudomonas sp. strain C18 complexes with 2,3-dihydroxybiphenyl
要素1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / extradiol dioxygenase / protein substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase / 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase activity / naphthalene catabolic process / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL-2,3-DIOL / : / 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Neau, D.B. / Kelker, M.S. / Colbert, C.L. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural explanation for success and failure in the enzymatic ring-cleavage of 3,4 dihydroxybiphenyl and related PCB metabolites
著者: Neau, D.B. / Kelker, M.S. / Maaroufi, H. / Colbert, C.L. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
履歴
登録2007年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8098
ポリマ－33,9861
非ポリマー8237
水3,639202
1
A: 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,46864
ポリマ－271,8848
非ポリマー6,58456
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area36070 Å2
ΔGint-394 kcal/mol
Surface area79960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.785, 117.785, 121.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase


分子量: 33985.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: C18 / 遺伝子: doxg / プラスミド: pHMPVDG / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT2442
参照: UniProt: P0A108, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む

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非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-BPY / BIPHENYL-2,3-DIOL / 2,3-ジヒドロキシビフェニル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細BPY 350 AND GOL 902, HOH 903-905 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. ABOUT THE LINK ...BPY 350 AND GOL 902, HOH 903-905 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. ABOUT THE LINK RECORDS BETWEEN FE2 AND BPY OR HOH, THESE TWO SETS OF LINKS ARE FROM TWO ALTERNATE CONFORMATIONS WITHIN THE ACTIVE SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.1M Hepes, anaerobic crystallization, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: focusing mirror optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26960 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.058
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / Rsym value: 0.658 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HAN

1han


解像度: 1.9→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20564 2576 8.7 %RANDOM
Rwork0.17977 ---
obs0.18225 26959 86.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 56 202 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9593357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5155297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58923.529119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6315380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3221514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6661.51474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04922354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77431004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2994.51003
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.281 1829 -
Rfree-0 -
obs--73.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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