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- PDB-2ei2: Crystal Structure Analysis of the 1,2-dihydroxynaphthalene dioxyg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ei2
タイトルCrystal Structure Analysis of the 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase from Pseudomonas sp. stain C18
要素1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / extradiol dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase / 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase activity / naphthalene catabolic process / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Neau, D.B. / Kelker, M.S. / Colbert, C.L. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural explanation for success and failure in the enzymatic ring-cleavage of 3,4 dihydroxybiphenyl and related PCB metabolites
著者: Neau, D.B. / Kelker, M.S. / Maaroufi, H. / Colbert, C.L. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
履歴
登録2007年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2365
ポリマ－33,9721
非ポリマー2644
水4,810267
1
A: 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,88740
ポリマ－271,7728
非ポリマー2,11532
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area26890 Å2
ΔGint-294 kcal/mol
Surface area83140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.390, 118.390, 120.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase


分子量: 33971.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: C18 / 遺伝子: doxg / プラスミド: pHMPVDG / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT2442
参照: UniProt: P0A108, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.1M Hepes, naerobic crystallization, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→48.97 Å / Num. obs: 46344 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.088
反射 シェル最高解像度: 1.69 Å / Rsym value: 0.646 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HAN

1han


解像度: 1.69→48.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.064 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18629 2048 4.9 %RANDOM
Rwork0.16135 ---
obs0.1626 39685 87.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 14 267 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9423288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30623.644118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9415386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.31006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.51619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.5374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7991.51515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09922355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83631052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.624.5933
LS精密化 シェル解像度: 1.692→1.736 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 100 -
Rwork0.222 2392 -
obs--72.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13710.25390.05390.86370.11251.7447-0.0363-0.08290.31340.0501-0.0325-0.006-0.3944-0.03530.06880.1331-0.0154-0.04930.0096-0.05920.12286.527137.059816.0554
20.8562-0.09680.12560.5737-0.16131.0125-0.0319-0.18620.13580.1507-0.0083-0.0385-0.1724-0.06170.04020.1077-0.0235-0.04130.0519-0.06440.06084.995327.812124.9641
30.8465-0.1790.02820.8009-0.10220.9629-0.0005-0.07260.11210.0664-0.037-0.1883-0.16520.18680.03750.0597-0.0644-0.05280.0533-0.02120.089720.958323.406313.9435
46.9566-5.00063.26889.7331-5.59093.2473-0.0274-0.31480.68190.6808-0.0596-0.664-0.25380.11950.08690.2494-0.1482-0.1130.2885-0.13630.283130.657529.215914.1842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 444 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2AA45 - 17345 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3AA174 - 290174 - 290
4X-RAY DIFFRACTION4AA291 - 302291 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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