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- PDB-2eho: Crystal structure of human GINS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eho
タイトルCrystal structure of human GINS complex
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 2
  • (GINS complex subunit ...) x 2
キーワードREPLICATION / protein-protein complex / 4-helical bundle / hydrophobic interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / CMG complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / inner cell mass cell proliferation / multicellular organism growth / DNA-templated DNA replication / cellular senescence ...Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / CMG complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / inner cell mass cell proliferation / multicellular organism growth / DNA-templated DNA replication / cellular senescence / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1020 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / : / PSF3 N-terminal domain / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf3 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1020 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / : / PSF3 N-terminal domain / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein helical bundle domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Choi, J.M. / Lim, H.S. / Kim, J.J. / Song, O.K. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the human GINS complex
著者: Choi, J.M. / Lim, H.S. / Kim, J.J. / Song, O.K. / Cho, Y.
履歴
登録2007年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE SEQRES AND THE SEQUENCE DATABASE. SWISSPROT SHOWS V -> I ...SEQUENCE THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE SEQRES AND THE SEQUENCE DATABASE. SWISSPROT SHOWS V -> I (in Ref. 3) AT THIS POSITION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GINS complex subunit 4
B: DNA replication complex GINS protein PSF1
C: DNA replication complex GINS protein PSF2
D: GINS complex subunit 3
E: GINS complex subunit 4
F: DNA replication complex GINS protein PSF1
G: DNA replication complex GINS protein PSF2
H: GINS complex subunit 3
I: GINS complex subunit 4
J: DNA replication complex GINS protein PSF1
K: DNA replication complex GINS protein PSF2
L: GINS complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,08629
ポリマ－268,45312
非ポリマー1,63317
水2,432135
1
A: GINS complex subunit 4
B: DNA replication complex GINS protein PSF1
C: DNA replication complex GINS protein PSF2
D: GINS complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6766
ポリマ－89,4844
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13560 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
2
E: GINS complex subunit 4
F: DNA replication complex GINS protein PSF1
G: DNA replication complex GINS protein PSF2
H: GINS complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,25312
ポリマ－89,4844
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15950 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
3
I: GINS complex subunit 4
J: DNA replication complex GINS protein PSF1
K: DNA replication complex GINS protein PSF2
L: GINS complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,15711
ポリマ－89,4844
非ポリマー6727
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15830 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.935, 176.995, 126.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer constituted by each of 4 chains in the asymmetric unit, A-D,E-H, and I-L.

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要素

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GINS complex subunit ... , 2種, 6分子 AEIDHL

#1: タンパク質 GINS complex subunit 4 / Sld5 homolog


分子量: 24354.615 Da / 分子数: 3 / 断片: Sld5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pACYC-duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BRT9
#4: タンパク質 GINS complex subunit 3 / Psf3 homolog


分子量: 24843.982 Da / 分子数: 3 / 断片: Psf3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Psf3 / プラスミド: pCOLA-duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BRX5

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DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 6分子 BFJCGK

#2: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / Psf1


分子量: 18278.793 Da / 分子数: 3 / 断片: Psf1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Psf1 / プラスミド: pCDF-duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14691
#3: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / Psf2


分子量: 22006.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSF2 / プラスミド: pET-duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y248

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非ポリマー , 2種, 152分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris HCl, 1.8M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 1.5% 1,2,3,-heptanetriol , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.9795
シンクロトロンPAL/PLS 4A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年9月20日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
211
反射解像度: 2.81→50 Å / Num. all: 83938 / Num. obs: 77549 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rsym value: 0.0115 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6734 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→29.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 65022.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 3895 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.25 ---
obs0.221 69327 91.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.4844 Å2 / ksol: 0.337085 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å2-2.03 Å2
2--8.66 Å20 Å2
3----6.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16717 0 85 135 16937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 520 5.3 %
Rwork0.3 9313 -
obs-9313 69.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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