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- PDB-2ehj: Structure of Uracil phosphoribosyl transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ehj
タイトルStructure of Uracil phosphoribosyl transferase
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / uracil phosphoribosyl transferase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / kinase activity / GTP binding / magnesium ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, bacterial-type / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lokanath, N.K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Uracil phosphoribosyl transferase
著者: Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / Kamiya, T. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uracil phosphoribosyltransferase
B: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,05823
ポリマ－90,2334
非ポリマー1,82519
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,07712
ポリマ－45,1162
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
3
B: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,98111
ポリマ－45,1162
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.312, 91.312, 266.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase


分子量: 22558.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: cell-free synthesis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8F0, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.05M MES, 1.5M NH2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: GRAPHITE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 28689 / Num. obs: 28400 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V9S

1v9s


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 22.953 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.442 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1447 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 26956 99.01 %-
all-28689 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6324 0 95 85 6504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3882.0168794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2325828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27325.345232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.679151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6311528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.23152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.24508
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2671.54189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19526676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57132469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0714.52118
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 89 -
Rwork0.307 1737 -
obs--96.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52520.1608-0.07040.837-0.27340.8371-0.0308-0.0110.0480.02390.0094-0.0107-0.07550.0110.0213-0.05560.0097-0.0185-0.0594-0.0313-0.012312.336372.5902242.2561
20.6141-0.00740.19310.1645-0.14090.8239-0.00080.04310.0092-0.0204-0.0260.00350.03180.00380.0268-0.03-0.02140.0126-0.0635-0.0268-0.025117.916552.7109224.6627
30.87660.14150.10860.3729-0.06240.5438-0.03670.0205-0.034-0.01750.00880.03230.07820.04350.0278-0.03780.01750.0116-0.0494-0.0103-0.038326.243936.0445246.67
40.60310.0563-0.19710.1915-0.16860.96840.0202-0.06310.01760.0002-0.040.006-0.0321-0.02860.0198-0.05410.02950.0092-0.0356-0.0265-0.036515.971154.167263.8977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2081 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 2081 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 2081 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 2081 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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