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万見
- PDB-2egi: Crystal Structure of a Hypothetical Protein(AQ1494) from Aquifex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2egi
タイトルCrystal Structure of a Hypothetical Protein(AQ1494) from Aquifex aeolicus
要素Hypothetical protein aq_1494
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical Protein / Aquifex aeolicus / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / : / Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative esterase aq_1494
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Protein(AQ1494) from Aquifex aeolicus
著者: Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein aq_1494
C: Hypothetical protein aq_1494
D: Hypothetical protein aq_1494
E: Hypothetical protein aq_1494
F: Hypothetical protein aq_1494
G: Hypothetical protein aq_1494
H: Hypothetical protein aq_1494
I: Hypothetical protein aq_1494
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5629
ポリマ－122,4698
非ポリマー921
水5,152286
1
A: Hypothetical protein aq_1494
C: Hypothetical protein aq_1494
G: Hypothetical protein aq_1494
H: Hypothetical protein aq_1494
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3275
ポリマ－61,2354
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA, PQS
2
D: Hypothetical protein aq_1494
E: Hypothetical protein aq_1494
F: Hypothetical protein aq_1494
I: Hypothetical protein aq_1494


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2354
ポリマ－61,2354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.493, 97.754, 113.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein aq_1494


分子量: 15308.683 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: AQ1494 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL-X / 参照: UniProt: O67466
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG8000, 0.1M HEPES pH7.5, micro batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97884,0.9000,0.97973
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978841
20.91
30.979731
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 74399 / Num. obs: 74399 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Num. unique all: 7274 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 135175.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2754 3 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 48589 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.8897 Å2 / ksol: 0.292541 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.24 Å20 Å20 Å2
2---4.18 Å20 Å2
3----1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7488 0 6 286 7780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 453 3.1 %
Rwork0.259 14305 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5gol_xplor_parmgol_xplor_top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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