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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eel | ||||||
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タイトル | Solution structure of the CIDE-N domain of human cell death activator CIDE-A | ||||||
要素 | Cell death activator CIDE-A | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / CIDE-N domain / Cell death activator CIDE-A / Cell death-inducing DFFA-like effector A / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lipid particle organization / negative regulation of cytokine production => GO:0001818 / positive regulation of sequestering of triglyceride / response to stilbenoid / regulation of apoptotic DNA fragmentation / cell death / lipid storage / lipid droplet organization / negative regulation of execution phase of apoptosis / mitochondrial envelope ...Lipid particle organization / negative regulation of cytokine production => GO:0001818 / positive regulation of sequestering of triglyceride / response to stilbenoid / regulation of apoptotic DNA fragmentation / cell death / lipid storage / lipid droplet organization / negative regulation of execution phase of apoptosis / mitochondrial envelope / negative regulation of cold-induced thermogenesis / temperature homeostasis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of lipid catabolic process / lipid droplet / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lipid metabolic process / regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Solution structure of the CIDE-N domain of human cell death activator CIDE-A 著者: Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eel.cif.gz | 520.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eel.ent.gz | 436.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eel.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eel_validation.pdf.gz | 343.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eel_full_validation.pdf.gz | 486.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eel_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eel_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/2eel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/2eel | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9733.857 Da / 分子数: 1 / 断片: CIDE-N domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: CIDEA / プラスミド: P050613-03 / 参照: UniProt: O60543 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.10mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |