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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ecr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ligand-free form of the flavin reductase component (HpaC) of 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase | ||||||
要素 | flavin reductase component (HpaC) of 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenaseフラビンレダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Flavin reductase (フラビンレダクターゼ) / flavin diffusible / two-component monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S.H. / Hisano, T. / Iwasaki, W. / Ebihara, A. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of the flavin reductase component (HpaC) of 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase from Thermus thermophilus HB8: Structural basis for the flavin affinity 著者: Kim, S.H. / Hisano, T. / Iwasaki, W. / Ebihara, A. / Miki, K. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the small component of 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase (HpaC) and its cofactor complex from Thermus thermophilus HB8 著者: Kim, S.H. / Miyatake, H. / Hisano, T. / Ohtani, N. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ecr.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ecr.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ecr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/2ecr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/2ecr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16059.578 Da / 分子数: 2 / 変異: E131G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0961 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJP7, EC: 1.6.8.- #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40% PEG 4000, 5% isopropyl alcohol, 0.1M HEPES-NaOH, 10% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 35392 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 13.466 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 3505 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Selenomethionine-labeled crystal was used for phase determination, and the model was used for initial target model. 解像度: 1.6→41.4 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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