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万見
- PDB-2ec7: Solution Structure of Human Immunodificiency Virus Type-2 Nucleoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ec7
タイトルSolution Structure of Human Immunodificiency Virus Type-2 Nucleocapsid Protein
要素Gag polyprotein (Pr55Gag)
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / HIV-2 / RNA RECOGNITION / ZINC FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Few Secondary Structures / Irregular / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Matsui, T. / Kodera, Y. / Tanaka, T. / Endoh, H. / Tanaka, H. / Miyauchi, E. / Komatsu, H. / Kohno, T. / Maeda, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The RNA recognition mechanism of human immunodeficiency virus (HIV) type 2 NCp8 is different from that of HIV-1 NCp7
著者: Matsui, T. / Tanaka, T. / Endoh, H. / Sato, K. / Tanaka, H. / Miyauchi, E. / Kawashima, Y. / Nagai-Makabe, M. / Komatsu, H. / Kohno, T. / Maeda, T. / Kodera, Y.
履歴
登録2007年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein (Pr55Gag)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6983
ポリマ－5,5681
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area4470 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Gag polyprotein (Pr55Gag) / Nucleocapsid Protein (NCp8)


分子量: 5567.540 Da / 分子数: 1 / 断片: CCHC-type 1, CCHC-type 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE GHANA-1) (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 2 / 株: isolate Ghana-1 subtype A / プラスミド: pTKK19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18041
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1322D NOESY
141HNHA
1522D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM 13C,15N-labeled Protein; 3.2mM ZnCl2; 90% H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
21.5mM Protein; 3.2mM ZnCl2; 99.96% D2O99.96% D2O
試料状態pH: 5.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ANSIG3.3Kraulis, P.J.collection
Azara2.7Boucher, W.解析
XPLOR-NIH2.9.9構造決定
XPLOR-NIH2.9.9精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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