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- PDB-2eb4: Crystal structure of apo-HpcG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eb4
タイトルCrystal structure of apo-HpcG
要素2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
キーワードLYASE / hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-hept-4-ene-1,7-dioate hydratase / 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase activity / 2-hydroxyhexa-2,4-dienoate hydratase activity / 4-oxalocrotonate decarboxylase activity / 2-oxopent-4-enoate hydratase activity / catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-oxo-hepta-4-ene-1,7-dioic acid hydratase / : / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / 2-oxo-hept-4-ene-1,7-dioate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Izumi, A. / Rea, D. / Adachi, T. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Roper, D.I. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and Mechanism of HpcG, a Hydratase in the Homoprotocatechuate Degradation Pathway of Escherichia coli
著者: Izumi, A. / Rea, D. / Adachi, T. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Roper, D.I. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
B: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
C: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
D: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
E: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,39219
ポリマ－148,7545
非ポリマー63814
水18,1591008
1
A: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
B: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
C: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
D: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
E: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
ヘテロ分子

A: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
B: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
C: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
D: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
E: 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,78438
ポリマ－297,50810
非ポリマー1,27528
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)136.740, 136.740, 192.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22C
13D
23C
14E
24C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 60 / Label seq-ID: 1 - 60

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
112AA
212CC
123BB
223CC
133DD
233CC
142EE
242CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase / 2-oxo-hept-4-ene-1 / 7-dioate hydratase


分子量: 29750.828 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: strain C / 遺伝子: hpcG / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46982, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7% PEG 12000, 0.1M MES, 0.7M potassium thiocyanate, 7% PEG 550 MME, 10mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月14日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 223282 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.827 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 11170 5 %RANDOM
Rwork0.20611 ---
obs0.20725 211972 93.34 %-
all-223282 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10248 0 32 1008 11288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02210481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9614206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31951299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.11423.671493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.223151741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2791586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.25062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.27176
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3880.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4831.56533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.931210508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33533948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2834.53698
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A240tight positional0.030.05
2B240tight positional0.030.05
3D240tight positional0.020.05
4E240tight positional0.030.05
1A261medium positional0.480.5
4E261medium positional0.630.5
2B261loose positional0.495
3D261loose positional0.595
1A240tight thermal0.130.5
2B240tight thermal0.080.5
3D240tight thermal0.30.5
4E240tight thermal0.110.5
1A261medium thermal0.692
4E261medium thermal0.572
2B261loose thermal0.6610
3D261loose thermal1.7110
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 530 -
Rwork0.304 10362 -
obs--62.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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