登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eae |
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タイトル | Crystal structure of 1,2-a-L-fucosidase from Bifidobacterium bifidum in complexes with products |
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要素 | Alpha-fucosidase |
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キーワード | HYDROLASE / fucosidase / glycoside hydrolase |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
alpha-L-fucosidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding類似検索 - 分子機能 : / Glycoside hydrolase family 95, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 95, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 65, N-terminal domain / putative glycoside hydrolase family protein from bacillus halodurans / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 ...: / Glycoside hydrolase family 95, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 95, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 65, N-terminal domain / putative glycoside hydrolase family protein from bacillus halodurans / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Golgi alpha-mannosidase II / Distorted Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha類似検索 - ドメイン・相同性 alpha-lactose / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Alpha-fucosidase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Bifidobacterium bifidum (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å |
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データ登録者 | Nagae, M. / Tsuchiya, A. / Katayama, T. / Yamamoto, K. / Wakatsuki, S. / Kato, R. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structural basis on the catalytic reaction mechanism of novel 1,2-alpha-L-fucosidase (AFCA) from Bifidobacterium bifidum 著者: Nagae, M. / Tsuchiya, A. / Katayama, T. / Yamamoto, K. / Wakatsuki, S. / Kato, R. |
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履歴 | 登録 | 2007年1月31日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2007年4月24日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2008年4月30日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 2.1 | 2021年11月10日 | Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details |
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改定 2.2 | 2024年5月29日 | Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond |
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