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- PDB-2e9x: The crystal structure of human GINS core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e9x
タイトルThe crystal structure of human GINS core complex
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 2
  • (GINS complex subunit ...) x 2
キーワードREPLICATION / GINS complex / Eukaryotic DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / CMG complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / inner cell mass cell proliferation / DNA-templated DNA replication / multicellular organism growth / cellular senescence ...Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / CMG complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / inner cell mass cell proliferation / DNA-templated DNA replication / multicellular organism growth / cellular senescence / DNA replication / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1020 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / : / : / PSF1 C-terminal domain / PSF2 N-terminal domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1020 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / : / : / PSF1 C-terminal domain / PSF2 N-terminal domain / : / PSF3 N-terminal domain / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kamada, K. / Hanaoka, F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of the human GINS complex and its assembly and functional interface in replication initiation
著者: Kamada, K. / Kubota, Y. / Arata, T. / Shindo, Y. / Hanaoka, F.
履歴
登録2007年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: GINS complex subunit 3
D: GINS complex subunit 4
E: DNA replication complex GINS protein PSF1
F: DNA replication complex GINS protein PSF2
G: GINS complex subunit 3
H: GINS complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,36214
ポリマ－179,7858
非ポリマー5766
水9,584532
1
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: GINS complex subunit 3
D: GINS complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1817
ポリマ－89,8934
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15100 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area32320 Å2
手法PISA
2
E: DNA replication complex GINS protein PSF1
F: DNA replication complex GINS protein PSF2
G: GINS complex subunit 3
H: GINS complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1817
ポリマ－89,8934
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14590 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32310 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area61770 Å2
手法PISA
4
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: GINS complex subunit 3
D: GINS complex subunit 4
ヘテロ分子

E: DNA replication complex GINS protein PSF1
F: DNA replication complex GINS protein PSF2
G: GINS complex subunit 3
H: GINS complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,36214
ポリマ－179,7858
非ポリマー5766
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area32270 Å2
ΔGint-302 kcal/mol
Surface area61810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.928, 88.741, 102.129
Angle α, β, γ (deg.)104.689, 102.964, 95.467
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1


分子量: 17502.084 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal truncation, residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA CELLS / 遺伝子: PSF1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14691
#2: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2


分子量: 21453.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA CELLS / 遺伝子: PSF2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y248

-
GINS complex subunit ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 GINS complex subunit 3


分子量: 24854.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA CELLS / 遺伝子: psf3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BRX5
#4: タンパク質 GINS complex subunit 4


分子量: 26081.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA CELLS / 遺伝子: sld5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BRT9

-
非ポリマー , 2種, 538分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na malonate-HCl, 1M LiSO4, 0.5M (NH4)2SO4, 20mM DTT, 0.1%(v/v) isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97951, 0.97930, 0.97488, 0.98332
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年10月14日Collimating and Focusing mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年10月14日Collimating and Focusing mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Numerical link type Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Numerical link type Si(111) double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979511
30.97931
40.974881
50.983321
Reflection

D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
2112.53014250.0481.2415400991.5
2213.63013110.0461.3715374591.4
1.9311.43025810.0531.2615518091.6
1.9410.62949820.051.0315226289.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955098.110.0362.0982
3.934.9598.210.0351.8082
3.443.9398.410.0381.52
3.123.4498.110.0491.2452
2.93.1298.110.0651.0582
2.732.99810.0950.9782
2.592.7397.810.1240.92
2.482.5997.310.1560.8671.9
2.382.4874.710.1720.8111.9
2.32.385610.2070.791.9
4.95509820.0362.3632
3.934.9598.220.0362.0462
3.443.9398.320.0371.682
3.123.4498.120.0461.3892
2.93.129820.061.192
2.732.998.120.0811.0242
2.592.7397.820.1020.9392
2.482.5997.120.1250.9031.9
2.382.487420.140.8721.9
2.32.3856.220.170.8271.9
4.955097.930.0382.2662
3.934.9598.130.0361.8382
3.443.9398.230.0411.5592
3.123.4498.130.0551.2252
2.93.1298.230.081.0622
2.732.99830.1190.9482
2.592.7397.830.1630.8862
2.482.5997.330.2040.8271.9
2.382.4877.230.2290.8161.8
2.32.385530.2620.7691.8
4.955098.440.0321.5812
3.934.9598.340.0321.3332
3.443.9398.440.0381.1492
3.123.4498.140.0591.012
2.93.1298.140.0940.9362
2.732.997.940.150.8462
2.592.7397.740.2110.7992
2.482.5995.740.2660.7851.9
2.382.4867.340.2860.7571.8
2.32.3845.740.3210.7121.7
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 101605 / Num. obs: 101605 / % possible obs: 78.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Limit h max: 28 / Limit h min: -29 / Limit k max: 43 / Limit k min: -29 / Limit l max: 45 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1761658.59 / Observed criterion F min: 13.1 / Rsym value: 0.047 / Χ2: 1.209 / Net I/σ(I): 21.01
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3669 / Rsym value: 0.341 / Χ2: 0.947 / % possible all: 28.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.3 Å / D res low: 47.67 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.485 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 78117 / Reflection centric: 0
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

IDR cullis acentricLoc acentricPower acentricReflection acentric
12.040.1078117
20.9913.10.2277970
30.8911.20.8378005
40.915.60.7577276
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricPower acentricReflection acentric
113.75-47.673.940.30377
18.04-13.751.230.101580
15.68-8.041.850.103635
14.39-5.681.310.106519
13.58-4.391.270.1010233
13.02-3.581.80.1014780
12.61-3.022.850.1020079
12.3-2.613.470.1020914
213.75-47.670.9822.30.21376
28.04-13.750.9723.50.191579
25.68-8.040.9718.50.233634
24.39-5.680.9918.70.26517
23.58-4.390.9917.20.210228
23.02-3.580.9913.30.2214773
22.61-3.020.9910.50.2420075
22.3-2.6119.80.2120788
313.75-47.670.8423.80.68375
38.04-13.750.8219.10.771579
35.68-8.040.7712.91.053633
34.39-5.680.8212.40.996515
33.58-4.390.8612.70.8910231
33.02-3.580.8710.70.914779
32.61-3.020.929.90.8220075
32.3-2.610.9710.40.6520818
413.75-47.670.8123.70.86376
48.04-13.750.84200.921580
45.68-8.040.8215.71.093635
44.39-5.680.8618.20.856519
43.58-4.390.8819.90.7210230
43.02-3.580.89160.7614776
42.61-3.020.9213.30.7720067
42.3-2.610.95140.6120093
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1ano20-0.425-0.426-0.3680
2ano20-0.793-0.27-0.8750
3ano20-0.754-0.84-0.2790
4ano20-0.375-0.825-0.9630
5ano20-0.182-0.737-0.8730
6ano20-0.768-0.155-0.5190
7ano20-0.849-0.023-0.8180
8ano20-0.289-0.574-0.3870
9ano20-0.347-0.719-0.8040
10ano20-0.951-0.14-0.8550
11ano20-0.697-0.066-0.3030
12ano20-0.76-0.926-0.4420
13ano20-0.685-0.777-0.3690
14ano20-0.686-0.728-0.9450
15ano20-0.931-0.302-0.6940
16ano20-0.796-0.851-0.3930
17ano20-0.907-0.349-0.6880
18ano20-0.691-0.552-0.7120
19ano20-0.666-0.74-0.3070
20ano20-0.132-0.548-0.4220
21ano20-0.804-0.927-0.70
22ano20-0.704-0.84-0.6430
23ano20-0.683-0.604-0.5450
24ano20-0.436-0.562-0.6550
25ano20-0.977-0.692-0.4340
26ano20-0.119-0.62-0.5480
27ano20-0.019-0.594-0.5990
28ano20-0.05-0.909-0.8240
29ano20-0.884-0.113-0.0270
30ano20-0.683-0.234-0.5310
31ano20-0.287-0.784-0.8510
32ano20-0.844-0.265-0.9020
33ano20-0.372-0.59-0.7860
34ano20-0.151-0.773-0.8680
35ano20-0.019-0.408-0.1780
36ano20-0.659-0.974-0.4720
37ano20-0.43-0.432-0.3731.189
38ano20-0.801-0.269-0.8771.071
39ano20-0.754-0.854-0.2770.909
40ano20-0.386-0.824-0.9681.425
41ano20-0.183-0.741-0.8691.15
42ano20-0.803-0.108-0.5260.359
43ano20-0.856-0.028-0.8261.365
44ano20-0.285-0.585-0.3911.199
45ano20-0.374-0.715-0.8120.388
46ano20-0.949-0.139-0.8710.715
47ano20-0.706-0.075-0.3120.516
48ano20-0.759-0.943-0.4430.288
49ano20-0.709-0.781-0.3731.023
50ano20-0.703-0.729-0.9530.789
51ano20-0.926-0.322-0.6890.903
52ano20-0.774-1.011-0.5250.052
53ano20-0.904-0.358-0.7010.251
54ano20-0.682-0.56-0.7190.742
55ano20-0.662-0.75-0.310.458
56ano20-0.137-0.557-0.4241.098
57ano20-0.816-0.915-0.6940.523
58ano20-0.728-0.836-0.6440.77
59ano20-0.697-0.621-0.560.827
60ano20-0.455-0.578-0.6590.553
61ano20-0.977-0.702-0.4361.133
62ano20-0.128-0.627-0.5531.431
63ano20-0.036-0.611-0.6050.864
64ano20-0.056-0.917-0.8271.28
65ano20-0.884-0.117-0.031.124
66ano20-0.705-0.218-0.5360.629
67ano20-0.318-0.798-0.8580.291
68ano20-0.748-0.323-0.9520.014
69ano20-0.377-0.596-0.7851.404
70ano20-0.172-0.774-0.8640.326
71ano20-0.024-0.433-0.1730.552
72ano20-0.669-0.975-0.480.607
73ano20-0.427-0.426-0.3674.697
74ano20-0.795-0.273-0.8774.007
75ano20-0.754-0.837-0.2823.989
76ano20-0.363-0.825-0.9582.715
77ano20-0.181-0.739-0.8773.615
78ano20-0.77-0.158-0.523.968
79ano20-0.846-0.024-0.8122.959
80ano20-0.292-0.571-0.3843.551
81ano20-0.345-0.72-0.8033.546
82ano20-0.951-0.14-0.8533.076
83ano20-0.688-0.065-0.2992.762
84ano20-0.76-0.925-0.4412.941
85ano20-0.679-0.775-0.3683.295
86ano20-0.679-0.726-0.9392.66
87ano20-0.929-0.3-0.6943.231
88ano20-0.797-0.853-0.393.002
89ano20-0.909-0.348-0.6873.569
90ano20-0.697-0.548-0.7123.455
91ano20-0.671-0.742-0.3061.867
92ano20-0.13-0.544-0.4242.033
93ano20-0.802-0.93-0.7021.682
94ano20-0.696-0.841-0.6423.411
95ano20-0.685-0.602-0.5442.923
96ano20-0.432-0.56-0.6553.38
97ano20-0.982-0.683-0.4342.855
98ano20-0.113-0.61-0.5451.306
99ano20-0.013-0.59-0.5962.712
100ano20-0.044-0.901-0.8242.278
101ano20-0.887-0.107-0.0251.267
102ano20-0.681-0.237-0.5313.088
103ano20-0.289-0.785-0.8522.733
104ano20-0.852-0.269-0.9043.241
105ano20-0.353-0.577-0.791.785
106ano20-0.145-0.773-0.8682.258
107ano20-0.013-0.407-0.1840.857
108ano20-0.658-0.978-0.4651.978
109ano20-0.426-0.425-0.3664.898
110ano20-0.793-0.274-0.8774.453
111ano20-0.754-0.836-0.2824.72
112ano20-0.36-0.825-0.9563.293
113ano20-0.18-0.739-0.8783.973
114ano20-0.77-0.157-0.5194.939
115ano20-0.845-0.022-0.813.552
116ano20-0.292-0.571-0.3834.498
117ano20-0.343-0.719-0.8024.139
118ano20-0.95-0.14-0.8523.957
119ano20-0.685-0.064-0.2973.691
120ano20-0.758-0.924-0.4393.546
121ano20-0.676-0.774-0.3664.226
122ano20-0.677-0.725-0.9383.325
123ano20-0.928-0.299-0.6954.148
124ano20-0.796-0.853-0.3893.948
125ano20-0.909-0.348-0.6864.516
126ano20-0.697-0.547-0.7114.223
127ano20-0.673-0.741-0.3052.034
128ano20-0.128-0.542-0.4232.376
129ano20-0.8-0.929-0.72.163
130ano20-0.695-0.841-0.6424.407
131ano20-0.685-0.601-0.5433.707
132ano20-0.431-0.558-0.6554.542
133ano20-0.981-0.682-0.4333.857
134ano20-0.112-0.607-0.5451.489
135ano20-0.013-0.589-0.5953.682
136ano20-0.043-0.898-0.8232.733
137ano20-0.889-0.105-0.0241.558
138ano20-0.68-0.236-0.533.846
139ano20-0.288-0.784-0.8523.264
140ano20-0.852-0.268-0.9044.198
141ano20-0.353-0.576-0.7892.527
142ano20-0.145-0.773-0.8693.074
143ano20-0.016-0.408-0.1841.254
144ano20-0.656-0.978-0.4642.085
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
13.75-47.6700.53807579323483770
8.04-13.7500.6120129691374715800
5.68-8.0400.6790159968928136350
4.39-5.6800.631075945120565190
3.58-4.3900.5960792477229102330
3.02-3.5800.55301414418246147800
2.61-3.0200.45101110391870200790
2.3-2.6100.32501291848254209140
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 78115
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
12.47-100600.562511
8.82-12.4749.90.874971
7.2-8.8253.40.8581243
6.23-7.256.60.8381489
5.58-6.2358.50.8271683
5.09-5.58530.8411865
4.71-5.0954.90.8582024
4.41-4.7153.40.8442137
4.16-4.4152.60.8512325
3.94-4.1656.40.8352451
3.76-3.9456.10.8162547
3.6-3.7657.20.812702
3.46-3.656.30.8112792
3.33-3.4657.80.82897
3.22-3.3364.60.7252964
3.12-3.2268.40.73128
3.02-3.1268.30.7093179
2.94-3.0268.20.7083288
2.86-2.9470.60.6933380
2.79-2.8670.30.6743459
2.72-2.7971.50.6493584
2.66-2.7272.20.6663602
2.6-2.6671.80.6533753
2.54-2.672.50.6593760
2.49-2.5473.60.6343878
2.45-2.4975.20.6353574
2.4-2.4575.30.6282990
2.36-2.475.20.6272673
2.3-2.3680.60.5893266

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法4.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 4042 4.9 %random
Rwork0.197 ---
all0.199 81853 --
obs0.199 81768 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 36.5066 Å2 / ksol: 0.364426 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.23 Å2 / Biso mean: 35.59 Å2 / Biso min: 10.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4 Å22.93 Å22.08 Å2
2---5.96 Å2-1.34 Å2
3---2.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
Luzzati d res high-2.3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11413 0 30 535 11978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.482.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.40.2544284.60.21788520.01210536928088.1
2.4-2.530.2654964.80.21297940.012105091029097.9
2.53-2.690.2575275.10.20797620.011105011028998
2.69-2.90.2785375.20.21998550.012105571039298.4
2.9-3.190.2564834.70.21298470.012104681033098.7
3.19-3.650.235295.10.19798920.01105401042198.9
3.65-4.60.19351950.1798760.008104771039599.2
4.6-29.820.22552350.19399320.01105171045599.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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