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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e9t | ||||||
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タイトル | Foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase RNA dependent in complex with a template-primer RNA and 5F-UTP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / Foot-and-mouth disease virus / RNA-dependent RNA polymerase / 3D polymerase / polymerase / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity ...modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus C-S8c1 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Sequential structures provide insights into the fidelity of RNA replication 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: The structure of a protein primer-polymerase complex in the initiation of genome replication 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Agudo, R. / Perez-Luque, R. / Escarmis, R. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2006 タイトル: A comparison of viral RNA-dependent RNA polymerases 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Escarmis, C. / Verdaguer, N. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure of foot-and-mouth disease virus RNA-dependent RNA polymerase and its complex with a template-primer RNA 著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Mutant viral polymerase in the transition of virus to error catastrophe identifies a critical site for RNA binding 著者: Arias, A. / Agudo, R. / Ferrer-Orta, C. / Perez-Luque, R. / Airaksinen, A. / Brocchi, E. / Domingo, E. / Verdaguer, N. / Escarmis, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e9t.cif.gz | 213.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e9t.ent.gz | 167.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2e9t_validation.pdf.gz | 511.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2e9t_full_validation.pdf.gz | 534.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2e9t_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2e9t_validation.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 474 / Label seq-ID: 1 - 474
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#1: RNA鎖 | 分子量: 2541.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA template #2: RNA鎖 | 分子量: 2230.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA primer |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#3: タンパク質 | 分子量: 53486.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus C-S8c1 (ウイルス) 属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: c-s8c1 / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q0QEE1, UniProt: Q9QCE4*PLUS, RNA-directed RNA polymerase |
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-非ポリマー , 3種, 71分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 33% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 4% butyrolactone, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 33329 / Num. obs: 31778 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.74 / Net I/σ(I): 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1WNE 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 30.249 / SU ML: 0.303 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.996 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3742 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 31.5931 Å / Origin y: 54.2249 Å / Origin z: 150.7128 Å
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精密化 TLSグループ |
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