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万見
- PDB-2e9t: Foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase RNA dependent in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e9t
タイトルFoot-and-mouth disease virus RNA-polymerase RNA dependent in complex with a template-primer RNA and 5F-UTP
要素
  • 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'
  • 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
  • RNA-dependent RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/RNA / Foot-and-mouth disease virus / RNA-dependent RNA polymerase / 3D polymerase / polymerase / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / RNA / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus C-S8c1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Sequential structures provide insights into the fidelity of RNA replication
著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: The structure of a protein primer-polymerase complex in the initiation of genome replication
著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Agudo, R. / Perez-Luque, R. / Escarmis, R. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: A comparison of viral RNA-dependent RNA polymerases
著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Escarmis, C. / Verdaguer, N.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of foot-and-mouth disease virus RNA-dependent RNA polymerase and its complex with a template-primer RNA
著者: Ferrer-Orta, C. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Mutant viral polymerase in the transition of virus to error catastrophe identifies a critical site for RNA binding
著者: Arias, A. / Agudo, R. / Ferrer-Orta, C. / Perez-Luque, R. / Airaksinen, A. / Brocchi, E. / Domingo, E. / Verdaguer, N. / Escarmis, C.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'
E: 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'
A: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,97012
ポリマ－116,5176
非ポリマー4536
水1,17165
1
B: 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4856
ポリマ－58,2593
非ポリマー2273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'
D: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4856
ポリマ－58,2593
非ポリマー2273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.597, 95.597, 201.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 474 / Label seq-ID: 1 - 474

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AE
2DF

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要素

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#1: RNA鎖 5'-R(P*UP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 2541.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA template
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*CP*CP*CP*(5FU))-3'


分子量: 2230.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA primer

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#3: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 53486.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus C-S8c1 (ウイルス)
属: Aphthovirus / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / 株: c-s8c1 / 遺伝子: 3D / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q0QEE1, UniProt: Q9QCE4*PLUS, RNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 71分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 33% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 4% butyrolactone, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2ammonium acetate11
3sodium citrate11
4butyrolactone11
5HOH11
6PEG 400012
7ammonium acetate12
8sodium citrate12
9butyrolactone12
10HOH12

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 33329 / Num. obs: 31778 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.74 / Net I/σ(I): 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ProDCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WNE

1wne


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 30.249 / SU ML: 0.303 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28931 1691 5.1 %RANDOM
Rwork0.23343 ---
obs0.23616 31778 99.99 %-
all-33329 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7482 636 22 65 8205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5542.05211488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0665946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1923.407364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.918151278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0121556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.23794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.25739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3941.54793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66827586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1934221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8884.53902
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3742 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 137 -
Rwork0.264 2271 -
obs--99.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.5931 Å / Origin y: 54.2249 Å / Origin z: 150.7128 Å
111213212223313233
T-0.2271 Å20.0494 Å2-0.016 Å2--0.1976 Å2-0.0024 Å2---0.0909 Å2
L0.7763 °2-0.1218 °20.6587 °2-0.5308 °2-0.2485 °2--1.7941 °2
S-0.0565 Å °-0.0048 Å °0.0825 Å °-0.0191 Å °-0.0922 Å °-0.0376 Å °-0.2179 Å °0.1183 Å °0.1487 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 474
2X-RAY DIFFRACTION1B903 - 910
3X-RAY DIFFRACTION1C915 - 921
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 474
5X-RAY DIFFRACTION1E903 - 910
6X-RAY DIFFRACTION1F915 - 921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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