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- PDB-2e8g: The structure of protein from P. horikoshii at 1.7 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e8g
タイトルThe structure of protein from P. horikoshii at 1.7 angstrom resolution
要素Hypothetical protein PH0536仮説
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold / alpha-helices bundle / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


de novo design (two linked rop proteins) - #150 / Alpha helical domain / Alpha helical domain / de novo design (two linked rop proteins) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold ...de novo design (two linked rop proteins) - #150 / Alpha helical domain / Alpha helical domain / de novo design (two linked rop proteins) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Βバレル / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gao, Y.G. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of protein PH0536 from Pyrococcus horikoshii at 1.7 A resolution reveals a novel assembly of an oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold and an alpha-helical bundle
著者: Gao, Y.-G. / Yao, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2007年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH0536
B: Hypothetical protein PH0536


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9142
ポリマ－53,9142
非ポリマー00
水6,720373
1
A: Hypothetical protein PH0536


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9571
ポリマ－26,9571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical protein PH0536


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9571
ポリマ－26,9571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.186, 71.691, 69.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PH0536 / 仮説 / tRNA synthetase-like protein / tRNA-binding protein


分子量: 26957.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: ph0536 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O58271
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 18% PEG 6000, 5% Glycerol, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9793, 0.9796, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2005年4月26日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年7月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97961
40.91
反射解像度: 1.7→34.401 Å / Num. all: 52501 / Num. obs: 52434 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.656 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5184 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→34.4 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 5171 -RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.203 47267 --
obs0.203 47267 9.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 0 373 4155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.396
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 376 -
Rwork0.254 --
obs-3442 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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