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万見
- PDB-2e7i: Crystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e7i
タイトルCrystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobus fulgidus
要素Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
キーワードLYASE / seven-stranded bete-strand / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase activity / translation
類似検索 - 分子機能
O-phosphoseryl-tRNA:Cys-tRNA synthase, archaea / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...O-phosphoseryl-tRNA:Cys-tRNA synthase, archaea / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fukunaga, R. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights into the Second Step of RNA-dependent Cysteine Biosynthesis in Archaea: Crystal Structure of Sep-tRNA:Cys-tRNA Synthase from Archaeoglobus fulgidus
著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
B: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7148
ポリマ－83,9862
非ポリマー7276
水1,29772
1
A: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
ヘテロ分子

A: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,05710
ポリマ－83,9862
非ポリマー1,0718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area5470 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
ヘテロ分子

B: Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3716
ポリマ－83,9862
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)220.663, 220.663, 92.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase / Hypothetical protein AF_0028


分子量: 41993.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pet26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O30207
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 80mM sodium acetate buffer (pH 4.4), 160mM NaCl, 1.00M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 27158 / Num. obs: 27104 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2645 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→47.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 6060723.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1318 4.9 %RANDOM
Rwork0.271 ---
obs0.271 27104 99.7 %-
all-27158 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.8315 Å2 / ksol: 0.322945 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.03 Å219.05 Å20 Å2
2--12.03 Å20 Å2
3----24.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 40 72 5586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.352.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 212 4.8 %
Rwork0.362 4181 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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