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万見
- PDB-2e6w: Solution structure and calcium binding properties of EF-hands 3 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e6w
タイトルSolution structure and calcium binding properties of EF-hands 3 and 4 of calsenilin
要素Calsenilin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium-bound form
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / protein localization to plasma membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / calcium ion binding ...Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / protein localization to plasma membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / calcium ion binding / apoptotic process / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Yu, L. / Sun, C. / Mendoza, R. / Hebert, E. / Pereda-Lopez, A. / Hajduk, P.J. / Olejniczak, E.T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure and calcium-binding properties of EF-hands 3 and 4 of calsenilin.
著者: Yu, L. / Sun, C. / Mendoza, R. / Wang, J. / Matayoshi, E.D. / Hebert, E. / Pereda-Lopez, A. / Hajduk, P.J. / Olejniczak, E.T.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calsenilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8893
ポリマ－11,8081
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Calsenilin / DRE-antagonist modulator / DREAM / Kv channel-interacting protein 3 / KChIP3 / A-type potassium ...DRE-antagonist modulator / DREAM / Kv channel-interacting protein 3 / KChIP3 / A-type potassium channel modulatory protein 3


分子量: 11808.465 Da / 分子数: 1 / 断片: EF-hands 3 and 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DREAM, KCHIP3 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y2W7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM Calsenilin, 25mM Tris-HCl, 5mM DTT, 15mM CaCl2; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0mM Calsenilin, 25mM Tris-HCl, 5mM DTT, 15mM CaCl2; 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNX2000A.T.Brunger at al.構造決定
CNX2000A.T.Brunger at al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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