PDB-2e50: Crystal structure of SET/TAF-1beta/INHAT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2.0E+50

タイトル

Crystal structure of SET/TAF-1beta/INHAT

要素

Protein SET

キーワード

PROTEIN BINDING / Histone chaperone / INHAT / SET / PP2AI

機能・相同性

機能・相同性情報

HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / protein phosphatase regulator activity / nucleosome disassembly / protein phosphatase inhibitor activity / lipid droplet / Condensation of Prophase Chromosomes / nucleosome assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / histone binding / DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muto, S. / Senda, M. / Senda, T. / Horikoshi, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Relationship between the structure of SET/TAF-Ibeta/INHAT and its histone chaperone activity
著者: Muto, S. / Senda, M. / Akai, Y. / Sato, L. / Suzuki, T. / Nagai, R. / Senda, T. / Horikoshi, M.

履歴

登録	2006年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e50.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e50.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3n6s-1 6xr5-2 2v65-d 3n6s-d 6weu-1 4jon-d 1o6c-d 6n4y-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein SET

B: Protein SET

P: Protein SET

Q: Protein SET

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein SET

B: Protein SET

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

P: Protein SET

Q: Protein SET

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.913, 64.435, 124.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Protein SET / SET/TAF-1beta / Phosphatase 2A inhibitor I2PP2A / I-2PP2A / Template-activating factor I / TAF-I / ...

分子量: 26369.982 Da / 分子数: 4 / 断片: SET/TAF-1beta(residues 1-225) / 変異: L104M, L145M, L166M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SET / プラスミド: PET14B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q01105

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2.75M Ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate buffer, 0.2M potassium/sodium tartrate, 30mM MgCl2, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	0.9791, 0.9794, 0.9850, 0.9740

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2004年11月28日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2004年5月27日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9791	1
3	0.9794	1
4	0.985	1
5	0.974	1

反射

解像度: 2.1→36.25 Å / Num. obs: 54757 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 5265 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 12.266 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	2104	5 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.22	39770	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.56 Å²	0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5841	0	92	131	6064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6072
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.958	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.053	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.185	25.673	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.483	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.909	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.979	1.5	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.579	2	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.405	3	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.77	4.5	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	158	-
R_work	0.218	2931	-
obs	-	-	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6999	-1.2456	0.3817	1.3492	-0.0634	0.2595	0.233	0.4268	0.212	-0.2042	-0.1881	-0.1714	-0.0454	0.0326	-0.0449	-0.1544	-0.0189	0.0552	-0.097	0.0282	0.0799	4.411	-1.698	0.778
2	4.1397	1.6799	0.0595	8.0923	-1.2054	3.7405	0.5192	-0.8779	0.053	1.4857	-0.582	0.1386	-0.5659	0.1652	0.0628	0.1071	-0.1874	0.0718	0.0411	-0.0627	-0.1487	-15.904	14.466	16.277
3	4.2349	-1.8202	0.2078	1.8312	0.179	0.1478	0.1593	0.0764	-0.3447	-0.084	-0.1158	0.2892	0.0853	-0.0122	-0.0434	-0.1747	-0.0338	0.0161	-0.0663	0.0572	0.0654	-4.96	-7.641	3.728
4	4.5289	0.0707	2.5145	5.3681	-1.7241	5.7682	-0.1234	-0.9671	0.061	0.7031	0.1722	-0.2367	-0.2636	-0.6539	-0.0488	-0.125	0.055	-0.0004	0.0895	0.0187	-0.1269	15.853	-12.503	22.281
5	3.292	1.4688	0.3665	1.4634	-0.1022	0.2442	0.2387	-0.4101	0.3334	0.2162	-0.1766	0.24	-0.0677	-0.0238	-0.0621	-0.1567	0.0188	0.0505	-0.1014	-0.0244	0.0942	-5.292	1.387	61.621
6	4.101	-0.6996	-0.0682	8.4753	0.1683	3.2913	0.4411	0.7172	0.1236	-1.5936	-0.5576	0.111	-0.3276	-0.1844	0.1165	0.1575	0.2028	-0.018	-0.0167	0.0705	-0.1523	14.837	17.422	45.803
7	5.5216	2.1299	0.4785	2.0047	-0.12	0.1199	0.0976	0.085	-0.4812	0.0201	-0.0768	-0.2877	0.0713	0.0108	-0.0208	-0.1571	0.0258	0.0071	-0.0609	-0.0491	0.0628	4.061	-4.547	58.641
8	4.5019	1.5818	0.9564	6.3681	0.7239	4.9792	-0.1493	1.0922	0.3015	-0.8577	0.4394	0.1274	-0.0291	0.3544	-0.2901	-0.0852	-0.0157	-0.061	0.1067	0.0158	-0.1167	-17.015	-8.823	40.88

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 78	25 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	79 - 220	79 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	25 - 78	25 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	79 - 220	79 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	P	C	25 - 78	25 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	P	C	79 - 220	79 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Q	D	25 - 78	25 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Q	D	79 - 220	79 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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