[日本語] English
万見
- PDB-2e4h: Solution structure of cytoskeletal protein in complex with tubuli... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e4h
タイトルSolution structure of cytoskeletal protein in complex with tubulin tail
要素
  • Restin
  • Tubulin alpha-ubiquitous chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / CAP-Gly / complex structure / tubulin / solution structure / CLIP
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / microtubule plus-end / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / microtubule plus-end / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule bundle formation / microtubule plus-end binding / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / intermediate filament / Recycling pathway of L1 / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / cellular response to interleukin-4 / Hedgehog 'off' state / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / cytoplasmic microtubule organization / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of microtubule polymerization / ruffle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / tubulin binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic vesicle membrane / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / kinetochore / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / cell cortex / microtubule binding / microtubule / cell division / GTPase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / structural molecule activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CLIP1, zinc knuckle / CLIP1 zinc knuckle / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Alpha tubulin ...CLIP1, zinc knuckle / CLIP1 zinc knuckle / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Alpha tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CAP-Gly domain-containing linker protein 1 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mishima, M. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for tubulin recognition by cytoplasmic linker protein 170 and its autoinhibition
著者: Mishima, M. / Maesaki, R. / Kasa, M. / Watanabe, T. / Fukata, M. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
履歴
登録2006年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Restin
B: Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5562
ポリマ－14,5562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Restin / Cytoplasmic linker protein 170 alpha-2 / CLIP-170 / Reed-Sternberg intermediate filament-associated ...Cytoplasmic linker protein 170 alpha-2 / CLIP-170 / Reed-Sternberg intermediate filament-associated protein / Cytoplasmic linker protein 1


分子量: 10540.216 Da / 分子数: 1 / 断片: CAP-Gly domain 2, residues 203-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIP-170 / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30622
#2: タンパク質・ペプチド Tubulin alpha-ubiquitous chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Alpha-tubulin 3


分子量: 4016.046 Da / 分子数: 1 / 断片: C-tail, residues 416-451 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: a3-tubulin / プラスミド: pGEX6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Star) / 参照: UniProt: P68363

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
1443D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Standard heteronuclear NMR technique and NH RDCs

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9mM U-15N,13C CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O100% D2O
20.9mM U-15N CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9mM U-15N,13C tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O100% D2O
40.9mM U-15N tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.4F. Delaglio解析
Sparky3.1.10T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
CYANA2.1P. Guntert構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る