PDB-2e4e: NMR structure of D4P/K7G mutant of GPM12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e4e

タイトル

NMR structure of D4P/K7G mutant of GPM12

要素

GPM12

キーワード

DE NOVO PROTEIN / beta-hairpin / mini-protein / chignolin / B1 domain of protein G

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Terada, T. / Satoh, D. / Mikawa, T. / Ito, Y. / Shimizu, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding the roles of amino acid residues in tertiary structure formation of chignolin by using molecular dynamics simulation
著者: Terada, T. / Satoh, D. / Mikawa, T. / Ito, Y. / Shimizu, K.

履歴

登録	2006年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e4e.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e4e.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e4e	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2xji-4 6be7-d 1rsw-d 2jta-d 1egs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GPM12

985 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 200	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	GPM12 / chignolin 分子量: 985.006 Da / 分子数: 1 / 変異: D4P, K7G / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL PEPTIDE SYNTHESIS
配列の詳細	THERE ARE MUTANTS D4P, K7G. THESE MUTATIONS CONVERT THE DISORDERD STRUCTURE OF GPM12 INTO A ...THERE ARE MUTANTS D4P, K7G. THESE MUTATIONS CONVERT THE DISORDERD STRUCTURE OF GPM12 INTO A CHIGNOLIN-LIKE ORDERED STRUCTURE. SEQUENCE OF RESIDUES 2-9 OF GPM12 IS THE SAME AS THAT OF RESIDUES 45-52 OF THE B1 DOMAIN OF PROTEIN G.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D ROESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM GPM12(D4P/K7G) / 溶媒系: 20mM sodium phosphate buffer
試料状態	pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker BioSpin Corporation	collection
Azara	2.7	Wayne Boucher	解析
ANSIG	3.3 for OpenGL version 1.0.6	Per Kraulis, Takeshi Nishimura	データ解析
CNS	1.1	Axel T.Brunger et al.	構造決定
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 119 NOE-derived distance constraints.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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