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- PDB-2e3v: Crystal structure of the first fibronectin type III domain of neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e3v
タイトルCrystal structure of the first fibronectin type III domain of neural cell adhesion molecule splicing isoform from human muscle culture lambda-4.4
要素Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
キーワードCELL ADHESION / NCAM / N-CAM 1 / NCAM-120 / CD56 antigen / membrane protein / Glycoprotein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / : / neuron projection / cell adhesion / Golgi membrane / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nishino, A. / Saijo, S. / Kishishita, S. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the first fibronectin type III domain of neural cell adhesion molecule splicing isoform from human muscle culture lambda-4.4
著者: Saijo, S. / Nishino, A. / Kishishita, S. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
B: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
C: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,62511
ポリマ－38,5263
非ポリマー1,0998
水4,197233
1
A: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9482
ポリマ－12,8421
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4585
ポリマ－12,8421
非ポリマー6164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2194
ポリマ－12,8421
非ポリマー3773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.378, 55.378, 118.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform / N-CAM 140 / NCAM-140 / CD56 antigen / neural cell adhesion molecule / splicing isoform from human ...N-CAM 140 / NCAM-140 / CD56 antigen / neural cell adhesion molecule / splicing isoform from human muscle culture / clone lambda-4.4


分子量: 12841.971 Da / 分子数: 3 / 断片: first fibronectin type III domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAM1 / プラスミド: PK050314-05 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: P13591

-
非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE IS ARG ACCORDING TO DICKSON G., GOWER H.J., BARTON C.H., ET AL. [CELL 50:1119-1130(1987)].

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22-25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B210.979274, 0.979740, 0.964000
シンクロトロンAPS 22-ID20.97105
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU JUPITER 2101CCD2006年10月3日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2006年10月11日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiMADMx-ray1
2Si 220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9792741
20.979741
30.9641
40.971051
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 29327 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 1248 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.061 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1500 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 27783 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2278 0 65 233 2576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9773252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5685296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07425.26993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.97615369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.987157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6271.51545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79122426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28331002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9744.5826
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 95 -
Rwork0.227 1748 -
obs-1748 83.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6181-1.3895-0.565610.07111.09333.13650.04570.14190.0590.2443-0.0192-0.19590.1999-0.1723-0.02640.0127-0.1362-0.0363-0.14490.0119-0.183828.571818.078637.8637
23.19180.6294-0.32573.6639-1.08992.87740.02680.18890.06090.0794-0.1493-0.2843-0.0394-0.01160.1225-0.015-0.1309-0.009-0.1810.0043-0.145134.17719.782436.9891
310.3328-3.47941.89946.3691-0.61765.16440.54620.714-0.3843-0.4084-0.3636-0.08010.25410.0146-0.1825-0.0231-0.15190.0321-0.22930.0417-0.20932.290518.618633.3631
455.591520.7841-42.352811.0937-23.285163.2272-0.4482-3.22340.27891.86850.0194-0.86431.3357-0.64190.42880.28780.00290.04750.5172-0.24680.472216.195136.758146.4984
510.76644.74575.85715.05543.12017.7303-0.3610.0257-0.5226-0.09570.2113-0.05570.1316-0.07420.1497-0.0054-0.1220.0911-0.1795-0.0187-0.098923.6387-0.335251.1125
62.17330.0318-0.05964.01620.49174.4289-0.1472-0.0109-0.2385-0.20110.13420.0873-0.1872-0.13110.013-0.0558-0.13840.0065-0.1677-0.0012-0.139823.784.966248.2389
76.38040.00443.84843.6765-0.562313.9734-0.0325-0.1937-0.0225-0.08890.02320.20310.2719-0.45280.0093-0.0667-0.09940.0289-0.2906-0.0091-0.105221.3194.519251.6027
87.8313.8238-4.63077.9446-3.41123.13520.1258-0.0258-0.0856-0.32850.0396-0.03390.21390.1371-0.1654-0.0561-0.1531-0.053-0.2747-0.0041-0.160121.493-21.321240.3652
96.07631.759-0.60584.5777-0.03243.76310.1952-0.47030.16430.0856-0.1187-0.10890.30320.1465-0.07650.0103-0.14660.0127-0.2017-0.0012-0.108423.2638-16.183144.7219
1011.1033-3.3214-6.72487.33572.57112.90880.1788-0.3623-0.23770.2952-0.1451-0.33170.34430.3659-0.0337-0.0391-0.2262-0.0721-0.31390.001-0.114626.2114-19.793243.8686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 266 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2AA27 - 8825 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3AA89 - 10787 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4AA108 - 112106 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5BB8 - 266 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6BB27 - 8825 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7BB89 - 10887 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8CC8 - 306 - 28
9X-RAY DIFFRACTION9CC31 - 8829 - 86
10X-RAY DIFFRACTION10CC89 - 10887 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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