PDB-2e2s: Solution structure of agelenin, an insecticidal peptide from the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e2s

タイトル

Solution structure of agelenin, an insecticidal peptide from the venom of Agelena opulenta

要素

Agelenin

キーワード

TOXIN / cystine knot / presynaptic calcium channel inhibitor

機能・相同性

Toxin 7 / host cell presynaptic membrane / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / U2-agatoxin-Aop1a

機能・相同性情報

生物種

Allagelena opulenta (クモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Yamaji, N.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of agelenin, an insecticidal peptide isolated from the spider Agelena opulenta, and its structural similarities to insect-specific calcium channel inhibitors
著者: Yamaji, N. / Sugase, K. / Nakajima, T. / Miki, T. / Wakamori, M. / Mori, Y. / Iwashita, T.

履歴

登録	2006年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e2s.cif.gz	207.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e2s.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e2s_validation.pdf.gz	337 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e2s_full_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示
XML形式データ	2e2s_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2e2s_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1psv-d 1cl4-d 1xsw-d 1tsk-d 6jic-d 2l46-d 1p8b-d 1rmk-d 5z5r-d 1ywi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agelenin

3.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Agelenin 分子量: 3829.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allagelena opulenta (クモ) / 参照: UniProt: P31328
Has protein modification	Y
配列の詳細	RESIDUES 35 AND 36 IN THE UNI-PROT ENTRY IS MOD_RES FOR LEUCINE AMIDE.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 4.1mM agelenin; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5	bruker	collection
ANSIG	3.3	Kraulis, P.J.	データ解析
X-PLOR	2.9.1	Clore, G.M.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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