PDB-2e2k: Helicobacter pylori formamidase AmiF contains a fine-tuned cystei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e2k

タイトル

Helicobacter pylori formamidase AmiF contains a fine-tuned cysteine-glutamate-lysine catalytic triad

要素

Formamidase

キーワード

HYDROLASE / Formamidase / AmiF / CEK / catalytic triad / Helicobacter pylori / aliphatic amidase / C166S

機能・相同性

機能・相同性情報

formamidase / formamidase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wang, W.C. / Hung, C.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Helicobacter pylori formamidase AmiF reveals a cysteine-glutamate-lysine catalytic triad
著者: Hung, C.-L. / Liu, J.-H. / Chiu, W.-C. / Huang, S.-W. / Hwang, J.-K. / Wang, W.-C.

履歴

登録	2006年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e2k.cif.gz	373.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e2k.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dyuSC 2dyvC 2e2lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kzf-1 4lf0-1 5g3p-d 4gyl-1 2uxy-1 4gyn-1 2plq-1 6uxf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formamidase

B: Formamidase

C: Formamidase

D: Formamidase

E: Formamidase

F: Formamidase

224 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.717, 130.527, 144.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
1	2	D
2	2	A
1	3	E
2	3	A
1	4	B
2	4	B
1	5	C
2	5	B
1	6	F
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 13 - 334 / Label seq-ID: 13 - 334

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	A	A
1	2	D	D
2	2	A	A
1	3	E	E
2	3	A	A
1	4	B	B
2	4	B	B
1	5	C	C
2	5	B	B
1	6	F	F
2	6	B	B

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Formamidase / Formamide amidohydrolase / AmiF 分子量: 37314.332 Da / 分子数: 6 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: amiF / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O25836, formamidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 14% PEG 2000 MME, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 84077 / Num. obs: 70795 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 3.3 %
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DYU

2dyu

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.853 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.805 / SU B: 8.348 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.924 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29378	3788	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25564	-	-	-
obs	0.2576	70795	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14894	0	0	850	15744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.022	15310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.882	1.948	20783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.384	5	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.147	24.368	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.852	15	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.207	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.3	8623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.5	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.5	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.3	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.229	1.5	9529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.414	2	14966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.346	3	6760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.583	4.5	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2482	loose positional	0	8
2	D	2442	loose positional	0.54	8
3	E	2470	loose positional	0.54	8
4	B	2485	loose positional	0	8
5	C	2469	loose positional	0.44	8
6	F	2467	loose positional	0.41	8
1	A	2482	loose thermal	0	10
2	D	2442	loose thermal	1.05	10
3	E	2470	loose thermal	1.1	10
4	B	2485	loose thermal	0	10
5	C	2469	loose thermal	0.91	10
6	F	2467	loose thermal	1.27	10

LS精密化シェル

解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	288	-
R_work	0.259	5105	-
obs	-	-	98.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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