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万見
- PDB-2e20: Crystal structure of Salmonella typhimurium propionate kinase (Td... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2.0E+20
タイトルCrystal structure of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD) in complex with diadenosine tetraphosphate (Ap4A)
要素Propionate Kinase
キーワードTRANSFERASE / Propionate kinase / TdcD / Native / Acetate kinase / Nucleotide / Ap4A / ADP / ATP / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate kinase / propionate kinase activity / L-threonine catabolic process to propionate / acetate kinase activity / acetate metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Propionate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Propionate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / Propionate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
著者: Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of ADP and AMPPNP-bound propionate kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: comparison with members of acetate and sugar kinase/heat shock cognate 70/actin superfamily
著者: Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2005
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of propionate kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium
著者: Simanshu, D.K. / Murthy, M.R.
履歴
登録2006年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionate Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1453
ポリマ－45,2461
非ポリマー8982
水2,738152
1
A: Propionate Kinase
ヘテロ分子

A: Propionate Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2906
ポリマ－90,4932
非ポリマー1,7974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area9370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.560, 110.560, 66.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-468-

HOH

21A-491-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Propionate Kinase


分子量: 45246.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: IFO 12529 / 遺伝子: TdcD / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O06961, propionate kinase
#2: 化合物 ChemComp-B4P / BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / ジアデノシン四りん酸


分子量: 836.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O19P4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 45% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月23日 / 詳細: Osmic mirror
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 18755 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 31.48 % / Biso Wilson estimate: 58.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 1775 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1X3M

1x3m


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.096 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25193 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.19943 ---
obs0.20194 17574 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.98 Å21.49 Å20 Å2
2--2.98 Å20 Å2
3----4.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 57 152 3147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9714155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8834777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8595393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52223.571126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00615474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3391521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.22128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.21498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.52509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0751.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78123097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0731252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6134.51058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 64 -
Rwork0.267 1213 -
obs--94.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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