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万見
- PDB-2e1b: Crystal structure of the AlaX-M trans-editing enzyme from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e1b
タイトルCrystal structure of the AlaX-M trans-editing enzyme from Pyrococcus horikoshii
要素216aa long hypothetical alanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / HYDROLASE / zinc-binding motif / trans-editing enzyme / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / nucleic acid binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #130 / : / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #130 / : / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanyl-tRNA editing protein AlaX-M
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fukunaga, R. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Structure of the AlaX-M trans-editing enzyme from Pyrococcus horikoshii
著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 216aa long hypothetical alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4042
ポリマ－25,3391
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.223, 80.223, 72.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 216aa long hypothetical alanyl-tRNA synthetase / PH0108


分子量: 25338.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O57848, alanine-tRNA ligase, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM Bicine-NaOH buffer (pH 9.0), 22% PEG6000, 0.1M ammoniumacetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9793, 0.9796, 0.9643, 0.9953
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年3月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年11月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97961
40.96431
50.99531
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7338 / Num. obs: 7167 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 647 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1170548.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 781 10.9 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 7167 97.6 %-
all-7338 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.1543 Å2 / ksol: 0.265579 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.46 Å219.62 Å20 Å2
2--6.46 Å20 Å2
3----12.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 1 0 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 117 10.5 %
Rwork0.321 993 -
obs--92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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