[日本語] English
万見
- PDB-2e0z: Crystal structure of virus-like particle from Pyrococcus furiosus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e0z
タイトルCrystal structure of virus-like particle from Pyrococcus furiosus
要素Virus-like particle
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / virus-like particle / virus / bacteriophage / HK97 / T4
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / ferroxidase / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein gp5 fold - #20 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #90 / Major capsid protein gp5 fold / hypothetical protein PF0899 domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / hypothetical protein PF0899 fold / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase ...Major capsid protein gp5 fold - #20 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #90 / Major capsid protein gp5 fold / hypothetical protein PF0899 domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / hypothetical protein PF0899 fold / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / Other non-globular / Ferritin-like superfamily / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin-like-encapsulin shell fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Akita, F. / Chong, K.T. / Tanaka, H. / Yamashita, E. / Miyazaki, N. / Nakaishi, Y. / Namba, K. / Ono, Y. / Suzuki, M. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of a Virus-like Particle from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus Provides Insight into the Evolution of Viruses
著者: Akita, F. / Chong, K.T. / Tanaka, H. / Yamashita, E. / Miyazaki, N. / Nakaishi, Y. / Suzuki, M. / Namba, K. / Ono, Y. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A.
履歴
登録2006年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年11月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 295 REMARK: THE SUPPLIED NCS OPERATORS AND THE IDENTITY MATRIX ARE SUFFICIENT TO GENERATE HALF OF THE ... REMARK: THE SUPPLIED NCS OPERATORS AND THE IDENTITY MATRIX ARE SUFFICIENT TO GENERATE HALF OF THE PARTICLE (30 COPIES OF THE BIOLOGICAL ASYMMETRIC UNIT). THE BIOLOGICAL ASYMMETRIC UNIT IS COMPOSED OF THREE CHAINS, A, B, and C.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Virus-like particle
B: Virus-like particle
C: Virus-like particle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,5493
ポリマ－116,5493
非ポリマー00
水00
1
A: Virus-like particle
B: Virus-like particle
C: Virus-like particle
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,992,957180
ポリマ－6,992,957180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Virus-like particle
B: Virus-like particle
C: Virus-like particle
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 583 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,74615
ポリマ－582,74615
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Virus-like particle
B: Virus-like particle
C: Virus-like particle
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 699 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)699,29618
ポリマ－699,29618
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)631.500, 631.500, 351.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.11224, 0.92998999, 0.35001999), (-0.46176001, -0.36072001, 0.81033999), (0.87987, -0.07067, 0.46992999)-39.94495, 67.505, -0.64422
3generate(-0.11695, -0.47049001, 0.87462002), (0.93052, -0.35968, -0.06906), (0.34707999, 0.80576998, 0.47986999)28.02007, 61.27095, -40.79925
4generate(0.36521, -0.92699999, -0.0854), (0.82275999, 0.36432999, -0.43626001), (0.43553001, 0.08906, 0.89576)195.65263, 56.16118, -41.70843
5generate(0.30928001, 0.67416, -0.67071998), (-0.65398002, 0.66281998, 0.36465999), (0.69041002, 0.32585001, 0.64587998)119.34791, 49.33548, -54.19053
6generate(-0.93427998, 0.09372, 0.34401), (0.09214, -0.86860001, 0.48688), (0.34443, 0.48657, 0.80287999)152.56224, 119.21985, -60.61504
7generate(0.30678001, -0.65171999, 0.69365001), (0.67359, 0.66355002, 0.32552999), (-0.67242998, 0.36737001, 0.64256001)32.93805, -95.39608, 97.34435
8generate(0.87702, 0.47137001, -0.09296), (-0.10126, 0.37049001, 0.92330003), (0.46966001, -0.80034, 0.37266001)-23.83386, -77.61978, 148.25436
9generate(-0.39897001, 0.65305001, 0.6437), (0.65307999, -0.2904, 0.69940001), (0.64367002, 0.69941998, -0.31062999)-26.81414, -49.2828, 75.28936
10generate(0.34876001, 0.81309998, 0.46608001), (-0.93147999, 0.35565001, 0.07657), (-0.1035, -0.46085, 0.88142002)-98.13868, 166.13696, 82.43605
11generate(-0.02191, 0.02664, 0.99940997), (0.01404, -0.99953997, 0.02695), (0.99966002, 0.01462, 0.02152)-58.54097, 225.82253, 53.70372
12generate(0.87616998, -0.10041, 0.47143), (0.47268, 0.3705, -0.79956001), (-0.09438, 0.92338997, 0.37209001)-56.59997, 158.5694, 14.5729
13generate(0.66209, 0.30923, 0.68265003), (0.67457998, -0.64270997, -0.36313), (0.32646, 0.70093, -0.63413)-114.45999, 177.33109, 170.48409
14generate(0.37547001, 0.48745, 0.78829998), (-0.10617, 0.86755002, -0.48589), (-0.92072999, 0.09874, 0.37749001)-121.60933, 110.12406, 205.54401
15generate(0.43742999, 0.12777001, 0.89012998), (-0.80830997, -0.3779, 0.45146), (0.39407, -0.91698998, -0.06203)-105.22178, 172.37025, 248.16454
16generate(0.44275001, -0.80800998, 0.38870999), (0.12225, -0.37507001, -0.91890001), (0.88827002, 0.45436999, -0.06728)89.34673, 306.24875, 32.59674
17generate(0.66505998, 0.67499, -0.3195), (-0.64826, 0.30941001, -0.69572002), (-0.37075001, 0.66982001, 0.64335001)17.09513, 276.76471, 28.01223
18generate(-0.66802001, 0.39932001, 0.62792999), (-0.68239999, -0.66526002, -0.30291), (0.29677999, -0.63085002, 0.71689999)36.38606, 324.03168, 87.65511
19generate(-0.45383, 0.79636002, -0.39980999), (-0.88572001, -0.45231, 0.10448), (-0.09763, 0.40153, 0.91062999)146.44136, 252.1656, -18.90988
20generate(0.65253001, -0.40022001, -0.64345002), (-0.28573, 0.65651, -0.69810998), (0.70183003, 0.63938999, 0.31404001)198.90974, 196.04793, -34.10129
21generate(-0.66746998, -0.68344998, 0.29559001), (0.40301999, -0.66536999, -0.62836999), (0.62614, -0.30028999, 0.71956998)218.62607, 256.70502, 11.67351
22generate(-0.33792999, -0.67917001, 0.65154999), (-0.66216999, -0.32038999, -0.67741001), (0.66882998, -0.66035998, -0.34145999)115.58798, 346.65933, 235.01936
23generate(0.92956001, -0.11643, -0.34981), (-0.36162001, -0.47279, -0.80356002), (-0.07183, 0.87344998, -0.48159)82.12108, 352.44669, 165.51663
24generate(-0.35905999, 0.93106002, 0.06491), (-0.45839, -0.11534, -0.88124001), (-0.81299001, -0.34617001, 0.4682)37.60475, 336.10419, 226.91467
25generate(0.47402999, 0.87434, 0.10403), (0.37443, -0.09323, -0.92255998), (-0.79693002, 0.47626999, -0.37156999)-57.10955, 246.13786, 278.63669
26generate(-0.37990001, 0.11616, 0.91771001), (-0.80557001, 0.4461, -0.38993999), (-0.45468, -0.88740999, -0.0759)-16.12032, 225.52826, 343.04987
27generate(0.79459, -0.4585, 0.398), (-0.45831001, -0.88291001, -0.10213), (0.39822, -0.10126, -0.91167998)6.1072, 288.01407, 301.30505
28generate(-0.99988002, 0.01451, -0.00608), (0.00549, -0.03999, -0.99918002), (-0.01474, -0.99909002, 0.03991)231.26413, 292.6561, 286.77707
29generate(0.09869, -0.93466997, -0.34154999), (-0.86568999, 0.08863, -0.49267), (0.49075001, 0.3443, -0.80039001)272.28351, 290.77356, 220.55716
30generate(0.13465001, 0.45376, -0.88089001), (-0.35736001, -0.80693001, -0.47027999), (-0.92421001, 0.37812001, 0.0535)204.43503, 330.92676, 226.25446

-
要素

#1: タンパク質 Virus-like particle


分子量: 38849.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q401P1

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 46

-
試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16~20% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9
検出器
タイプID検出器日付
Bruker DIP-60401CCD2004年6月11日
Bruker DIP-60402CCD2004年12月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 773334 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 104 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 -5 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs-773334 --
原子変位パラメータBiso mean: 100 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5488 0 0 0 5488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る