PDB-2e0l: Mutant Human Ribonuclease 1 (Q28L, R31L, R32L)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0l

タイトル

Mutant Human Ribonuclease 1 (Q28L, R31L, R32L)

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Mutant Human Pancreatic Ribonuclease 1

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Kuroki, R.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: 'Crystal lattice engineering,' an approach to engineer protein crystal contacts by creating intermolecular symmetry: crystallization and structure determination of a mutant human RNase ...
著者: Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Miyata, K. / Fujiki, S. / Tano, M. / Moriya, M. / Yamanishi, M. / Honjo, E. / Tada, H. / Ino, T. / Yamaguchi, H. / Futami, J. / Seno, M. / Nomoto, T. / ...

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0l.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0l.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0l_validation.pdf.gz	413.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0l_full_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示
XML形式データ	2e0l_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	2e0l_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0jC 2e0mC 2e0oC 7rsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jlg-1 5xul-1 1xpt-2 5xug-2 1b6v-1 5xul-2 2e0o-1 5xu5-1 1bel-d 5e5e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.376, 93.376, 93.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1001- CD

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	Ribonuclease / Ribonuclease 1 / RNase 1 / RNase A / RNase UpI-1 / RIB-1 / HP-RNase 分子量: 14625.553 Da / 分子数: 2 / 変異: Q28L, R31L, R32L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBO26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 400, 0.1M cadmium chloride, 0.1M sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 52471 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7RSA

7rsa

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.571 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21496	2663	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19422	-	-	-
obs	0.19528	49597	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.495 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2012	0	19	382	2413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.934	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.1	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.017	23.878	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.736	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.549	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.235	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.215	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.872	1.5	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.3	2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.21	3	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.406	4.5	692
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	206	-
R_work	0.261	3649	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.989	-0.2123	0.4402	3.3943	1.3268	2.1805	-0.1186	-0.2282	0.2971	0.3511	0.1825	-0.4951	-0.0375	0.1884	-0.0639	-0.1503	0.0034	-0.0881	-0.2586	-0.0449	-0.0773	-41.736	61.179	61.884
2	4.2688	-0.4675	-1.1351	4.2523	0.5053	1.7336	-0.189	-0.1637	-0.078	0.3804	0.0175	0.3925	0.1035	-0.13	0.1715	-0.209	0.0131	0.0298	-0.2533	-0.0347	-0.154	-58.251	53.692	60.09
3	6.1408	0.2644	-0.4001	3.4984	1.2636	2.1012	-0.1558	0.2446	-0.3152	-0.3732	0.1985	-0.5063	0.05	0.206	-0.0427	-0.1464	-0.0075	0.0969	-0.2545	-0.0469	-0.079	-41.71	78.915	54.355
4	4.2982	0.5758	1.0801	4.2766	0.6685	1.3913	-0.2105	0.1765	0.0769	-0.406	0.0321	0.363	-0.0947	-0.1352	0.1784	-0.2013	-0.0151	-0.0285	-0.2559	-0.0339	-0.1549	-58.247	86.417	56.119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 48	2 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	80 - 102	81 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 79	50 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	103 - 128	104 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 48	2 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	80 - 102	81 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	49 - 79	50 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	103 - 128	104 - 129

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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