PDB-2e0j: Mutant Human Ribonuclease 1 (R31L, R32L)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0j

タイトル

Mutant Human Ribonuclease 1 (R31L, R32L)

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Mutant Human Pancreatic Ribonuclease 1

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Kuroki, R.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: 'Crystal lattice engineering,' an approach to engineer protein crystal contacts by creating intermolecular symmetry: crystallization and structure determination of a mutant human RNase ...
著者: Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Miyata, K. / Fujiki, S. / Tano, M. / Moriya, M. / Yamanishi, M. / Honjo, E. / Tada, H. / Ino, T. / Yamaguchi, H. / Futami, J. / Seno, M. / Nomoto, T. / ...

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0j.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0j.ent.gz	53.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0j_validation.pdf.gz	408.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0j_full_validation.pdf.gz	410.1 KB	表示
XML形式データ	2e0j_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	2e0j_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0lC 2e0mC 2e0oC 7rsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2k11-d 4j8e-2 1hi4-d 2nbp-d 2c01-d 3ev1-1 4rsk-d 4wyn-1 4wyz-1 5yod-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.511, 97.511, 53.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-282- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease / Ribonuclease 1 / RNase 1 / RNase A / RNase UpI-1 / RIB-1 / HP-RNase 分子量: 14640.523 Da / 分子数: 2 / 変異: R31L, R32L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBO26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 26% PEG 4000, 0.2M ammpnium sulfate, 0.1M sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月27日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 34457 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7RSA

7rsa

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.401 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2172	1737	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18918	-	-	-
obs	0.19058	32600	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2014	0	0	391	2405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.931	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.853	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.169	24	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.655	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.748	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	1.5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.277	2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.088	3	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.29	4.5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	117	-
R_work	0.234	2361	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0553	1.0042	-1.6325	1.1049	-0.9748	2.41	0.1193	0.1422	0.2975	-0.0765	-0.0164	-0.1163	-0.033	-0.0438	-0.1029	-0.2306	0.0146	0.0012	-0.1988	0.0194	-0.172	145.106	-70.713	-20.933
2	3.8597	-0.2687	1.2674	1.5094	-0.6695	3.1841	0.0906	-0.1175	-0.2232	-0.1216	-0.0202	0.0976	0.1169	-0.1115	-0.0704	-0.226	-0.0167	-0.0064	-0.1955	0.0199	-0.2179	127.915	-76.793	-19.798
3	5.8891	1.0765	0.124	0.6954	-0.9972	2.0885	0.0376	0.0439	0.4129	0.0105	-0.0472	-0.0497	-0.1492	-0.021	0.0095	-0.1843	-0.001	-0.0017	-0.1731	-0.0083	-0.1502	153.837	-71.426	-4.729
4	4.4577	0.2584	-0.7925	2.2087	-2.2526	4.9442	-0.0357	-0.3778	0.0071	0.0394	0.1578	-0.0226	0.1547	-0.1675	-0.1221	-0.196	-0.0085	-0.0084	-0.113	0.013	-0.1863	145.911	-81.928	7.061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 48	2 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	80 - 102	81 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 79	50 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	103 - 128	104 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 48	2 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	80 - 102	81 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	49 - 79	50 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	103 - 128	104 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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